R语言中coxph模型survfit绘图仅单条线的原因及解决方法

为什么只显示一条线？ #

当你用survfit(coxph(Surv(time, status)~sex, data=lung))时，默认生成的是基准风险对应的生存曲线——也就是把所有协变量（这里是sex）设为参考水平（lung数据中sex=1是参考组，对应男性）时的生存曲线，所以只会输出一条线。

是否应该显示两条线？ #

这不是survfit(coxph(...))的默认行为。Cox比例风险模型的核心是估计协变量对风险比的影响，默认的生存曲线输出是基准线，而非按分组拆分的曲线。

如何得到两条线？ #

要生成不同性别对应的生存曲线，需要手动指定协变量的取值，通过newdata参数传递给survfit()：

library(survival)
library(ggfortify)

# 先拟合Cox模型
cox_model <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
# 构造包含两种性别取值的新数据集
new_data <- data.frame(sex = c(1, 2))
# 基于新数据集生成分组生存曲线
coxfit <- survfit(cox_model, newdata = new_data)
# 绘图
autoplot(coxfit)

这样就能得到对应两种性别的两条生存曲线了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ka Lee