含重复行的DataFrame转lodes格式及ggalluvial绘图异常问题

问题根源 #

1. 原始数据格式不合法：执行rbind(d,d)后，每个individual在同一个timeperiod下存在重复的therapy记录，ggalluvial要求每个alluvium（个体）在每个x轴位置（时间点）只能对应一个stratum（治疗方案），重复行触发了格式验证错误。
2. lodes格式转换参数错误：to_lodes_form的axes参数用于指定宽格式数据中作为x轴的列，你的数据本身已是长格式，axes=3的设置完全错误，导致转换后的数据映射逻辑混乱。
3. 绘图映射错误：转换后的lodes数据中x轴对应的列是x，但绘图代码仍用timeperiod作为x的映射，导致流向无法被正确计算渲染。

解决方案 #

1. 处理重复行 #

先确保每个个体在每个时间点只有一条记录，通过去重实现：

d <- d %>% distinct(individual, timeperiod, .keep_all = TRUE)

2. 正确使用lodes格式（可选） #

你的原始数据去重后已是合法的类lodes格式，可直接用于绘图；如果坚持要转换为标准lodes格式，需先将数据转成宽格式再转换：

# 先转宽格式
d_wide <- d %>% pivot_wider(names_from = timeperiod, values_from = therapy)
# 再转标准lodes格式
d_lodes <- to_lodes_form(d_wide, key = "x", value = "stratum", id = "alluvium")

3. 修正绘图代码 #

用去重后的原始数据绘图

ggplot(d, aes(x = timeperiod, stratum = therapy, alluvium = individual, fill = therapy, label = therapy)) +
  scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set2") +
  geom_flow(stat = "alluvium", lode.guidance = "rightleft", color = "darkgray") +
  geom_stratum()

用转换后的lodes数据绘图（需修正x轴映射）

ggplot(d_lodes, aes(x = x, stratum = stratum, alluvium = alluvium, fill = stratum, label = stratum)) +
  scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set2") +
  geom_flow(stat = "alluvium", lode.guidance = "rightleft", color = "darkgray") +
  geom_stratum()

执行上述操作后，报错会消失，流向也能正常显示。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Philipp Schulz