求助：Bash脚本中部分带默认值的参数无法按用户输入更新

你遇到的问题是：脚本中部分多字符参数（如res、reg）无法通过用户输入覆盖默认值，而单字符参数（d、b）可以正常工作。比如执行bash preprocessingPipeline.sh -reg 0后，REGISTRATION仍保持默认值1。

问题根源 #

Bash内置的getopts工具仅支持单字符选项，你在getopts ":s:d:b:res:reg:h:"中写的res、reg会被拆解成单个字符解析：比如-reg会被识别为三个独立选项-r、-e、-g，根本匹配不到case分支里的reg标签，自然无法更新对应变量。而d、b是单字符选项，所以能正常匹配。

解决方案 #

方案1：改用单字符短选项（推荐新手使用）

把多字符参数改成单字符，修改getopts选项字符串和对应的case分支：

修改后的脚本片段：

# default values
DIM=3
BIASFIELDCORRECTION=1
SKULLSTRIPPING=0
REGISTRATION=1
RESAMPLRES=0

# reading command line arguments
while getopts ":s:d:b:r:R:h" OPT
do
  case $OPT in
      h) #help
          Help
          exit 0
          ;;
      d)  # dimension
          DIM=$OPTARG
          ;;
      b)  # bias field correction
          BIASFIELDCORRECTION=$OPTARG
          ;;
      s)  # skull stripping
          SKULLSTRIPPING=$OPTARG
          ;;
      r)  # resampling resolution
          RESAMPLRES=$OPTARG
          ;;
      R)  # registration
          REGISTRATION=$OPTARG
          ;;
     \?) # getopts issues an error message
          exit 1
          ;;
  esac
done

echo "Registration:" $REGISTRATION

现在执行bash preprocessingPipeline.sh -R 0，就能正常将REGISTRATION的值更新为0。

方案2：使用GNU getopt支持长选项

如果坚持要用长选项（如--reg），可以使用GNU版本的getopt（注意不是内置的getopts），示例逻辑大致如下：

# 解析长选项
OPTIONS=$(getopt -o s:d:b:r:R:h --long res:,reg:,help -- "$@")
eval set -- "$OPTIONS"

while true; do
  case "$1" in
      -s|--skullstrip)
          SKULLSTRIPPING="$2"
          shift 2 ;;
      -d|--dimension)
          DIM="$2"
          shift 2 ;;
      -b|--bias)
          BIASFIELDCORRECTION="$2"
          shift 2 ;;
      -r|--res)
          RESAMPLRES="$2"
          shift 2 ;;
      -R|--reg)
          REGISTRATION="$2"
          shift 2 ;;
      -h|--help)
          Help
          exit 0 ;;
      --)
          shift
          break ;;
      *)
          exit 1 ;;
  esac
done

执行时可以用bash preprocessingPipeline.sh --reg 0或者-R 0两种方式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Barbara Gendron