Autotools+Singularity+Slurm场景：如何仅构建代码与单元测试不运行？

一、分步骤构建测试程序与单独执行测试 #

你的思路方向正确，只需调整细节确保测试程序在容器内构建，Slurm的srun在主机环境执行：

1. 配置项目（指定主机端MPI启动器）
   让MPI_LAUNCHER指向主机的srun，并通过它启动容器内的环境脚本和测试程序：

   ./configure MPI_LAUNCHER="srun --mpi=pmi2 singularity exec -B ${PWD} container.sif envscript.sh"
   

2. 仅构建测试程序（不运行）
   Autotools中check_PROGRAMS是所有测试程序的构建目标，执行以下命令在容器内完成编译：

   singularity exec -B ${PWD} container.sif envscript.sh "make check_PROGRAMS"
   

   若项目未定义check_PROGRAMS，可改用make all构建所有目标（包含测试程序），或用make check -k --just-print预览命令后提取编译测试的部分单独执行。

3. 单独执行测试
   直接运行make check，此时MPI_LAUNCHER会调用主机的srun启动容器内的测试，避免srun在容器内执行导致的挂起：

   make check
   

二、mpirun转srun的参数位置问题 #

mpirun -n test_cores ./test.sh替换为srun时，资源参数（如-n）需放在命令最前端，再指定容器执行命令和测试脚本：

直接运行测试脚本的正确写法：

srun --mpi=pmi2 -n test_cores singularity exec -B ${PWD} container.sif envscript.sh ./test.sh

若测试脚本内部包含MPI程序启动逻辑，建议将脚本内的mpirun替换为srun --mpi=pmi2，并确保资源参数（如-n）放在srun之后、目标程序之前。

如果测试框架通过make check自动传递核心数，可在configure时同步设置相关变量：

./configure MPI_LAUNCHER="srun --mpi=pmi2 singularity exec -B ${PWD} container.sif envscript.sh" TEST_CORES=4

随后在测试脚本中用$TEST_CORES变量对应srun -n $TEST_CORES。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者byrdman1982