使用ggalluvial/ggsankey库处理缺失组合与脱落病例的绘图问题

需要展示3个不同年份治疗组间的患者流动情况，数据存在脱落/新增患者：部分患者在后续年份缺失，或后续年份出现新患者，用"none"标记这些缺失组合。希望使用geom_sankey绘制桑基图时，保留正常的患者流动连线（冲积流），但隐藏标注为"none"或NA的分层节点。

核心思路是预处理数据，过滤掉无效的"none"/NA节点，仅保留患者的有效流动路径，再生成桑基图数据。

步骤1：数据预处理 #

先将原始数据中的"none"统一替换为NA，再转换为宽格式：

library(tidyverse)
library(ggsankey)

# 合并年份数据并预处理
data <- bind_rows(data_2015, data_2017, data_2019) %>% 
  select(sip, Year, Grp) %>%
  # 将"none"替换为NA，统一缺失值标记
  mutate(Grp = ifelse(Grp == "none", NA, as.character(Grp))) %>%
  mutate(Grp = factor(Grp), Year = factor(Year)) %>%
  arrange(sip) %>% 
  # 转换为宽格式：每一行是一个患者的三年分组情况
  pivot_wider(names_from = Year, values_from = Grp)

步骤2：生成有效流动路径 #

提取每个患者的非NA分组记录，跳过缺失年份，直接连接前后有效分组：

# 处理每个患者的有效路径，跳过NA节点
df_sankey <- data %>%
  rowwise() %>%
  # 提取当前患者的非NA(年份,分组)对
  mutate(valid_path = list(
    na.omit(tibble(
      year = c(`2015`, `2017`, `2019`),
      grp = c(`2015`, `2017`, `2019`)
    ))
  )) %>%
  ungroup() %>%
  unnest(valid_path) %>%
  # 为每个路径节点生成下一个节点信息
  group_by(sip) %>%
  mutate(
    next_year = lead(year),
    next_grp = lead(grp)
  ) %>%
  # 过滤掉没有后续节点的行（每个患者的最后一个有效节点）
  drop_na(next_year, next_grp) %>%
  ungroup() %>%
  # 重命名为ggsankey要求的列名格式
  rename(
    x = year,
    node = grp,
    next_x = next_year,
    next_node = next_grp
  ) %>%
  # 确保年份顺序正确
  mutate(
    x = factor(x, levels = c("2015", "2017", "2019")),
    next_x = factor(next_x, levels = c("2015", "2017", "2019"))
  )

步骤3：绘制桑基图 #

使用处理后的有效路径数据绘图，此时不会出现NA/"none"的节点：

ggplot(df_sankey, aes(
  x = x, 
  next_x = next_x, 
  node = node, 
  next_node = next_node,
  fill = factor(node),
  label = node,
  color = factor(node)
)) +
  geom_sankey(flow.alpha = 0.5, node.color = 1) +
  geom_sankey_label(size = 3.5, color = 1, fill = "white") +
  scale_fill_viridis_d() +
  scale_colour_viridis_d() +
  theme_sankey(base_size = 16) +
  theme(legend.position = "none") + 
  xlab("")

说明 #

• 该方法会自动跳过患者的缺失年份，直接连接前后有效治疗组的流动，同时完全隐藏无效的"none"/NA节点。
• 如果需要保留缺失年份的间隔（比如2015到2019的流动线跨过年份2017的位置），上述代码会自动处理，流动线会在对应的年份位置之间绘制。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者RobertoT