如何在R语言散点图中添加聚类中心（质心）？

基础R绘图（匹配你当前的代码） #

你现在用的是基础R的plot和points函数，直接计算每组数据的x、y均值（也就是质心坐标），再用points标记出来就行，步骤如下：

1. 分别计算AB组和BA组的质心坐标
2. 用醒目的样式（比如实心圆、特殊颜色）把质心画在图上

完整代码示例：

# 绘制原始散点图
plot(Period_1_AB, Period_2_AB, pch = 0 , cex = .8)
points(Period_1_BA, Period_2_BA, pch = 2, cex = .8)
abline(0,1)

# 计算AB组质心并绘制
ab_center <- c(mean(Period_1_AB), mean(Period_2_AB))
points(ab_center[1], ab_center[2], pch = 19, col = "red", cex = 1.2)

# 计算BA组质心并绘制
ba_center <- c(mean(Period_1_BA), mean(Period_2_BA))
points(ba_center[1], ba_center[2], pch = 19, col = "blue", cex = 1.2)

ggplot2 方法（对应你提到的stat_summary） #

如果用ggplot2绘图，stat_summary(fun = mean)确实是添加质心的便捷方式，前提是把数据整理成标准数据框格式：

library(ggplot2)

# 把两组数据合并成一个数据框
df <- data.frame(
  x = c(Period_1_AB, Period_1_BA),
  y = c(Period_2_AB, Period_2_BA),
  group = rep(c("AB", "BA"), times = c(length(Period_1_AB), length(Period_1_BA)))
)

# 绘图并自动添加质心
ggplot(df, aes(x = x, y = y, shape = group)) +
  geom_point(cex = 0.8) +
  geom_abline(slope = 1, intercept = 0) +
  # 用stat_summary添加质心，设置样式区分
  stat_summary(fun = mean, geom = "point", shape = 19, size = 3, aes(color = group)) +
  theme_bw()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jacob deril raj