运行emmeans官方示例代码调用cld函数报错，寻求解决方法

你碰到的两个错误，核心原因是当前版本的emmeans已不再对外导出cld()函数，且multcomp包的cld()方法不支持emmGrid类型对象。下面是三种可行的解决办法：

方法一：安装并加载multcompView包（推荐） #

multcompView包专门提供了适配emmGrid对象的cld()方法，步骤很简单：

1. 先安装包（如果还没装过）：

install.packages("multcompView")

2. 加载包后重新运行你的代码：

set.seed(22.10)
mu = c(16, 15, 19, 15, 15, 17, 16)  # true means
n =  c(19, 15, 16, 18, 29,  2, 14)  # sample sizes
foo = data.frame(trt = factor(rep(LETTERS[1:7], n)))
foo$y = rnorm(sum(n), mean = mu[as.numeric(foo$trt)], sd = 1.0)

foo.lm = lm(y ~ trt, data = foo)
foo.emm = emmeans(foo.lm, "trt")

library(multcomp)
library(multcompView)  # 新增加载这个包
cld(foo.emm)

方法二：转换为multcomp支持的对象格式 #

把emmGrid对象转成multcomp能识别的glht对象，再调用cld()：

set.seed(22.10)
mu = c(16, 15, 19, 15, 15, 17, 16)  # true means
n =  c(19, 15, 16, 18, 29,  2, 14)  # sample sizes
foo = data.frame(trt = factor(rep(LETTERS[1:7], n)))
foo$y = rnorm(sum(n), mean = mu[as.numeric(foo$trt)], sd = 1.0)

foo.lm = lm(y ~ trt, data = foo)
foo.emm = emmeans(foo.lm, "trt")

library(multcomp)
# 转换为glht对象
foo.glht = glht(foo.lm, linfct = emmeans:::linfct.emmGrid(foo.emm))
cld(foo.glht)

方法三：直接调用emmeans内部方法 #

如果不想额外装包，可以直接调用emmeans里未对外公开的cld.emmGrid方法，但要注意这种方法可能在未来版本中失效：

set.seed(22.10)
mu = c(16, 15, 19, 15, 15, 17, 16)  # true means
n =  c(19, 15, 16, 18, 29,  2, 14)  # sample sizes
foo = data.frame(trt = factor(rep(LETTERS[1:7], n)))
foo$y = rnorm(sum(n), mean = mu[as.numeric(foo$trt)], sd = 1.0)

foo.lm = lm(y ~ trt, data = foo)
foo.emm = emmeans(foo.lm, "trt")

# 调用内部方法
emmeans:::cld.emmGrid(foo.emm)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hnguyen