Snakemake规则中如何在params段引用输入文件？

问题场景 #

需要将Snakemake规则的输入文件列表转换为逗号分隔的字符串，传递给CLI程序，但在params段引用输入文件时出现错误。

尝试的代码及报错 #

尝试的规则代码：

rule a:
    input:
        foo="a.txt",
        bar=expand("{build}.txt", build=config["build"]),
    output:
        baz="result.txt",
    params:
        joined_bar=lambda w: ",".join(input.bar),  # 此处出错
    shell:
        """
        qux --comma-separated-files {params.joined_bar} \
            --foo {input.foo} \
            >{output.baz}
        """

运行报错：

InputFunctionException:
   AttributeError: 'builtin_function_or_method' object has no attribute 'bar'

错误原因 #

lambda函数中直接使用input.bar是错误的：这里的input是Python内置函数，并非当前规则的输入对象。lambda的参数w代表wildcards对象，必须通过w.input.bar才能访问当前规则的输入文件列表。

解决方案 #

方法一：通过lambda函数正确引用输入列表

修改params中的lambda函数，通过wildcards对象访问输入文件列表：

rule a:
    input:
        foo="a.txt",
        bar=expand("{build}.txt", build=config["build"]),
    output:
        baz="result.txt",
    params:
        joined_bar=lambda w: ",".join(w.input.bar),
    shell:
        """
        qux --comma-separated-files {params.joined_bar} \
            --foo {input.foo} \
            >{output.baz}
        """

方法二：直接在shell段处理（更简洁）

如果仅需在shell命令中使用该字符串，可直接在shell模板中用Snakemake的字符串处理语法，省略params定义：

rule a:
    input:
        foo="a.txt",
        bar=expand("{build}.txt", build=config["build"]),
    output:
        baz="result.txt",
    shell:
        """
        qux --comma-separated-files {",".join(input.bar)} \
            --foo {input.foo} \
            >{output.baz}
        """

适用场景 #

• 方法一适合需要在规则的多个部分复用该逗号分隔字符串的场景；
• 方法二更简洁，适合仅在shell命令中使用的场景。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Cornelius Roemer