mixstock包中calc.RL.0函数找不到的问题及替代方案咨询

问题背景 #

在使用mixstock包及内置的lahanas98raw数据集进行混合种群分析时，执行Raftery and Lewis收敛诊断（对应教程第14页内容），出现找不到calc.RL.0函数的错误。

安装与运行情况 #

• 初始安装mixstock包时收到警告：Warning in install.packages : package ‘mixstock’ is not available for this version of R.
• 尝试安装教程推荐的R 2.14.1版本，但该版本与RStudio不兼容，转而从CRAN归档下载mixstock 0.9.5.1版本手动安装。
• 手动安装后大部分代码可正常运行，但调用calc.RL.0(mydata)时出现错误：Error in calc.RL.0(mydata) : could not find function "calc.RL.0"
• 包窗口中可见该函数，且同包其他calc系列函数（如calc.GR、calc.mult.GR、calc.mult.RL）均可正常运行，已确认依赖的coda包已安装并加载。

相关代码 #

## Calculate confidence intervals - i.e., bootstrapping - and plot them
mydata.umlboot = genboot(mydata,"uml")
confint(mydata.umlboot)
plot(mydata.umlboot, ylim=c(0,1))

## Carry out Markov Chain Monte Carlo (MCMC) estimations and plot them
mydata.mcmc = tmcmc(mydata)
mydata.mcmc
confint(mydata.mcmc)
plot(mydata.mcmc, ylim=c(0,1))

## Check that the Markov chains have converged = run Raftery and Lewis diagnostics
library(mixstock)
library(coda)
calc.RL.0(mydata)
# Error in calc.RL.0(mydata) : could not find function "calc.RL.0"

疑问 #

1. 该问题是否与mixstock的安装方式有关？
2. 是否有其他方法可执行Raftery and Lewis诊断并获取所需输出（最后一条链的诊断结果、各建议链长度的历史记录）？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nrwestlake