使用rmapshaper的ms_simplify生成损坏GeoJSON文件的问题求助

问题描述 #

处理大型shapefile时，调用rmapshaper包的ms_simplify函数并启用系统版mapshaper（sys=T），初期步骤显示正常，但生成的临时GeoJSON文件损坏，无法打开。更换临时目录后问题依旧。

错误日志 #

simplif_coo2 <- ms_simplify(raw, keep = 0.5, keep_shapes = TRUE, sys=T, sys_mem=6, no_repair=T)
Allocating 6 GB of heap memory
[i] Snapped 200 points
[o] Wrote C:\TEMP\RtmpkFv92L\file25f818895f48.geojson
Error: Cannot open "C:\TEMP\RtmpkFv92L\file25f818895f48.geojson"; The source could be corrupt or not supported. See `st_drivers()` for a list of supported formats.

已做排查 #

• 确认临时目录下的生成文件确实无法打开
• 更换临时存储目录，问题未解决
• 尝试将原shapefile转为GeoJSON后再处理，无改善

环境信息 #

数据读取方式 #

raw<-st_read("RedList_Countries_V2022.1.shp")

R会话信息 #

R version 4.2.2 (2022-10-31 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=French_France.utf8  LC_CTYPE=French_France.utf8    LC_MONETARY=French_France.utf8 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=French_France.utf8    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base      

other attached packages:
[1] dplyr_1.1.0      sf_1.0-9         rmapshaper_0.4.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.10        rstudioapi_0.14    magrittr_2.0.3     units_0.8-1        tidyselect_1.2.0   jsonvalidate_1.3.2
 [7] R6_2.5.1           rlang_1.0.6        fansi_1.0.4        tools_4.2.2        grid_4.2.2         utf8_1.2.2        
[13] KernSmooth_2.23-20 cli_3.6.0          e1071_1.7-12       DBI_1.1.3          class_7.3-20       tibble_3.1.8      
[19] lifecycle_1.0.3    httpcode_0.3.0     vctrs_0.5.2        curl_5.0.0         crul_1.3           glue_1.6.2        
[25] V8_4.2.2           proxy_0.4-27       pillar_1.8.1       compiler_4.2.2     generics_0.1.3     classInt_0.4-8    
[31] geojsonlint_0.4.0  jsonlite_1.8.4     pkgconfig_2.0.3   

系统版mapshaper状态 #

通过npm安装，check_sys_mapshaper()输出：

mapshaper version 0.6.24 is installed and on your PATH
                                            mapshaper-xl 
"C:\\Users\\Victor\\AppData\\Roaming\\npm\\MAPSHA~3.CMD" 

解决方案建议 #

• 升级mapshaper版本：当前使用的0.6.24版本较旧，执行以下命令升级到最新稳定版：

  npm update -g mapshaper
  

• 移除no_repair=T参数：让mapshaper自动修复几何问题，避免生成损坏的GeoJSON文件。
• 调整内存分配：尝试降低sys_mem参数值（例如设为4），避免内存分配过大导致文件写入异常。
• 手动调用系统mapshaper：绕过R包直接处理文件，再读回R：

  mapshaper-xl RedList_Countries_V2022.1.shp -simplify keep=0.5 keep-shapes -o simplified_output.geojson
  

  读取处理后的文件：

  simplif_coo2 <- st_read("simplified_output.geojson")
  

• 调整系统编码：由于系统locale为法语，尝试切换到UTF-8编码：

  Sys.setlocale("LC_ALL", "English_United States.utf8")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Victor Cz