knitr：如何实现编织代码的严格可复现性？

你碰到的这个问题本质是R环境的变量查找机制导致的：默认情况下用new.env()创建的环境会继承当前父环境的变量查找路径，所以哪怕你没在自定义环境里定义变量，knitr还是会偷偷往上找父环境里的同名变量，这就埋下了结果异常的隐患。

要彻底解决这个问题，关键是切断环境的继承链，让编织用的环境完全独立，只使用你显式设置的变量。

具体实现方法 #

创建环境的时候，指定parent = emptyenv()，这个参数会让新环境不继承任何上层环境的变量：

# 创建完全独立的空环境
e <- new.env(parent = emptyenv())
# 只添加你需要的编织变量
e$yes <- TRUE
# 用这个环境执行编织
knit("foo.Rmd", envir = e)

验证效果 #

现在再测试你提到的场景：

e <- new.env(parent = emptyenv())
yes <- FALSE  # 父环境的变量，不会被用到
knit("foo.Rmd", envir = e)

这时候就会触发你预期的Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'yes' not found错误，而不是悄悄使用父环境的FALSE值，完美避免了变量冲突的问题。

原理补充 #

为什么之前的方法没生效？因为new.env()默认的parent参数是parent.frame()（也就是调用new.env()时的当前环境）。当Rmd代码在自定义环境里找不到变量时，会沿着环境链向上查找，直到找到变量或者到达空环境。而设置parent = emptyenv()直接把环境链的顶端设为空，没有上层环境可以查找，彻底杜绝了意外继承父环境变量的可能性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者antonio