如何在R语言循环中同时获取数据框列表名称与对应数据框？

单数据框绘图脚本示例 #

先放能正常运行的单数据框绘图代码（以circlize包为例）：

library(circlize)

# 单个数据框绘图
circos.initializeWithIdeogram()
circos.genomicTrack(df_sample, panel.fun = function(region, value, ...) {
    circos.genomicPoints(region, value, pch = 16, cex = 0.5, col = "red")
})
png("sample_circos.png", width = 800, height = 800)
circos.clear()
dev.off()

两种失败的循环尝试 #

尝试1：拿不到列表名称，没法命名图片 #

直接遍历列表元素时，只能拿到数据框本身，获取不到对应的列表名称，导致保存的图片没法按组区分命名：

df_list <- list(group1 = df1, group2 = df2, group3 = df3)

for(df in df_list) {
    circos.initializeWithIdeogram()
    circos.genomicTrack(df, panel.fun = function(region, value, ...) {
        circos.genomicPoints(region, value, pch = 16, cex = 0.5, col = "red")
    })
    # 只能用固定名称，没法区分不同组的图
    png("unnamed_circos.png", width = 800, height = 800)
    circos.clear()
    dev.off()
}

尝试2：能拿到名称，但没法调用对应数据框 #

遍历列表名称时，名称是字符串格式，直接传入绘图函数会报错，因为函数需要的是数据框对象：

for(name in names(df_list)) {
    circos.initializeWithIdeogram()
    # 直接传name（字符串）会报错，不是数据框对象
    circos.genomicTrack(name, panel.fun = function(region, value, ...) {
        circos.genomicPoints(region, value, pch = 16, cex = 0.5, col = "red")
    })
    png(paste0(name, "_circos.png"), width = 800, height = 800)
    circos.clear()
    dev.off()
}

正确解决方法：封装函数+遍历列表名称 #

把绘图逻辑打包成函数，然后遍历列表名称，通过列表索引获取对应数据框，同时用名称给图片命名：

1. 封装绘图函数 #

draw_circos <- function(df, save_name) {
    circos.initializeWithIdeogram()
    circos.genomicTrack(df, panel.fun = function(region, value, ...) {
        circos.genomicPoints(region, value, pch = 16, cex = 0.5, col = "red")
    })
    png(paste0(save_name, "_circos.png"), width = 800, height = 800)
    circos.clear()
    dev.off()
}

2. 批量循环绘图 #

df_list <- list(group1 = df1, group2 = df2, group3 = df3)

for(name in names(df_list)) {
    # 通过[[name]]从列表里取出对应的数据框
    current_df <- df_list[[name]]
    # 调用函数，传入数据框和保存用的名称
    draw_circos(current_df, name)
}

这样既能用列表名称给图片命名，又能正确调用对应的数据框完成绘图。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mervebduman