如何让Jupyter代码单元的Shell命令指定使用Python 3.x解释器？

以下几种方式可以让Jupyter的Shell命令明确使用Python3.x解释器及对应环境包：

• 直接指定python3命令
  把原命令中的python替换成python3，多数系统中python3指向默认的Python3版本：

  !python3 scripts/extract.py esm2_t33_650M_UR50D data/output.fasta data/output_esm --repr_layers 33 --include per_tok
  

• 使用Jupyter当前环境的Python解释器（最可靠）
  通过sys.executable获取Jupyter正在运行的Python3.8路径，直接调用该解释器：

  import sys
  !{sys.executable} scripts/extract.py esm2_t33_650M_UR50D data/output.fasta data/output_esm --repr_layers 33 --include per_tok
  

  这种方式能确保使用和Jupyter完全一致的Python环境，不会出现包版本不匹配的问题。

• 指定具体的Python3.8路径
  先在Jupyter代码单元中执行!which python3.8找到Python3.8的绝对路径，比如输出/usr/local/bin/python3.8，然后替换到命令中：

  !/usr/local/bin/python3.8 scripts/extract.py esm2_t33_650M_UR50D data/output.fasta data/output_esm --repr_layers 33 --include per_tok
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者goodfriending