MacOSX（M2）运行Nextflow RNAseq管道时遇未知配置属性错误

错误原因 #

你的Nextflow版本（0.30.1）过于陈旧，和当前nf-core/rnaseq管道的配置语法不兼容。新版nf-core管道通常要求Nextflow版本至少在21.10.0以上，老版本无法识别管道配置文件中使用的嵌套参数格式。

解决步骤 #

• 卸载旧版本Nextflow：

  # 手动安装的版本用这个命令
  rm -f ~/bin/nextflow
  # Conda安装的版本用这个命令
  conda remove nextflow
  

• 安装最新版Nextflow：

  # 手动安装稳定版
  curl -s https://get.nextflow.io | bash
  # 或用Conda安装
  conda install -c bioconda nextflow
  

• 验证版本是否更新成功：

  nextflow -v
  

• 重新运行测试命令：

  nextflow run nf-core/rnaseq -profile test,conda --outdir /Users/aggardik/workflow
  

替代方案（不升级Nextflow） #

如果暂时不想升级Nextflow，可以指定使用与旧版本兼容的nf-core/rnaseq历史版本，比如v1.4：

nextflow run nf-core/rnaseq -r 1.4 -profile test,conda --outdir /Users/aggardik/workflow

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Angeliki