如何将grep的输出作为第二个grep的匹配模式？

需求说明 #

想把第一个grep的输出当作第二个grep的匹配模式使用：先在file1里匹配pattern1，把结果经过sed这类处理后，作为新的匹配模式去file2里查找对应行。试过xargs但只找到替换文件名的例子，想知道能不能用grep+xargs实现，不想用awk方案。

补充示例文件 #

out_prot.fq #

>p1.A2|PDKKMNCP_00148 
MDAFELPDTLAQALQRRAAK
>p1.A2|PDKKMNCP_00161 
MNPEHAQKLARRFVELPLE
>p1.A2|PDKKMNCP_00162 
MTGTTAARIAKRFVGLSLEQRRQFLSR

p1.A2.tsv #

ProtName p1.A2|PDKKMNCP_00163 69.479 557 169 1 103 659 1087 1642 0.0 803 83
ProtName p1.A2|PDKKMNCP_00161 50.707 566 256 10 114 659 51 613 3.31e-170 523 81
ProtName p1.A2|PDKKMNCP_00148 48.522 575 283 2 104 672 1726 2293 1.78e-166 536 85
ProtName p1.A2|PDKKMNCP_00148 46.824 551 281 5 116 659 682 1227 1.76e-142 467 85

之前试过这个命令：

grep $(grep ">" out_prot_test.fq | sed 's/>//') p1.A2.tsv > test

但输出每行开头都带p1.A2.tsv:前缀，想要去掉这个前缀得到目标输出：

ProtName p1.A2|PDKKMNCP_00148 48.522 575 283 2 104 672 1726 2293 1.78e-166 536 85
ProtName p1.A2|PDKKMNCP_00148 46.824 551 281 5 116 659 682 1227 1.76e-142 467 85

解决方案 #

方案1：grep+xargs实现（纯管道+xargs） #

用xargs把处理后的每行模式传递给grep，同时加-h参数去掉文件名前缀：

grep ">" out_prot.fq | sed 's/>//' | xargs -I {} grep -h {} p1.A2.tsv

• -I {}：指定占位符，把xargs接收到的每一行内容替换到{}位置，实现每行作为单独的匹配模式
• -h：让grep不输出匹配到的文件名前缀，正好解决你遇到的前缀问题

方案2：用grep的-f参数（更简洁） #

如果不强制要求用xargs，grep自带的-f参数可以直接从标准输入读取模式列表，同样加-h去前缀：

grep ">" out_prot.fq | sed 's/>//' | grep -h -f - p1.A2.tsv

• -f -：表示从标准输入（也就是前面管道传过来的内容）读取匹配模式列表
• -h：去掉文件名前缀

这两种方法都能得到你想要的目标输出，第一种是纯grep+xargs的实现，第二种利用grep自身参数更简洁。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hek