MATLAB R2022b无法加载.nii.gz神经影像数据的问题求助

背景 #

在Ubuntu 22系统的MATLAB中，尝试用load_nifti读取压缩fMRI数据（.nii.gz）。最初使用load_nii时被提示改用load_nifti，当前MATLAB未安装第三方工具箱，load_nifti自R2017b起已集成在图像处理工具箱中。

代码实现 #

为批量处理受试者数据，构建根路径：

root_path = ['/media/megan2/VERBATIM HD/dHCP_data/sub-' subj '/' 'ses-' ses_id '/' task];

读取文件的代码：

phaseBP = load_nifti([root_path '/BP_demeaned_0.033-0.07Hz_sub-' subj '_' 'ses-' ses_id '_task-rest_desc-preproc_bold-cropped.nii.gz']);

错误信息 #

运行后返回：

cd /media/megan2/VERBATIM HD

zcat /media/megan2/VERBATIM HD/dHCP_data/sub-CC00852XX11/ses-28210/func/BP_demeaned_0.033-0.07Hz_sub-CC00852XX11_ses-28210_task-rest_desc-preproc_bold-cropped.nii.gz > /tmp/tpb5ca9cf4_93fd_45f1_abdf_a96530646c80.load_nifti.m.nii

ERROR: gzip: /media/megan2/VERBATIM.gz: No such file or directory
gzip: HD/dHCP_data/sub-CC00852XX11/ses-28210/func/BP_demeaned_0.033-0.07Hz_sub-CC00852XX11_ses-28210_task-rest_desc-preproc_bold-cropped.nii.gz: No such file or directory

工作区中仅得到空的0x0矩阵。

已尝试的解决方法 #

• 反复确认目标文件确实存在于指定目录
• 使用readnifti可正常读取数据，但需要load_nifti返回的包含头文件的数据结构
• 直接传入完整文件路径调用load_nifti，错误情况相同

解决方案 #

问题核心是路径包含空格（VERBATIM HD），load_nifti调用系统zcat命令时未对带空格的路径加引号，导致路径被拆分成两段，无法识别完整文件位置。

有两种可行解决办法：

1. 给文件路径添加引号
   在调用load_nifti时，用双引号包裹完整路径，确保系统命令正确识别：

   full_path = [root_path '/BP_demeaned_0.033-0.07Hz_sub-' subj '_' 'ses-' ses_id '_task-rest_desc-preproc_bold-cropped.nii.gz'];
   phaseBP = load_nifti(['"' full_path '"']);
   

2. 修改路径为无空格形式
   重命名存储设备或文件夹，去掉路径中的空格（比如将VERBATIM HD改为VERBATIM_HD），之后同步更新代码中的路径即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者paniquebanique