Snakemake如何实现部分通配符配对、其余全展开？

可以实现你要的效果，问题出在当前的expand用法错误地将outputdir也纳入了配对范围。要让BASES和CONTRASTS严格配对，同时每个配对与ALLOUTPUTS中的所有目录做笛卡尔积，只需调整expand的参数顺序：

ruleAll:
    input:
        expand(
            os.path.join("{outputdir}", "{bse}-{contrast}_comparison.bed"),
            outputdir=ALLOUTPUTS,
            zip, bse=BASES, contrast=CONTRASTS
        )

原理说明 #

• outputdir=ALLOUTPUTS单独放在前面，不参与配对，会与后面的配对组合做笛卡尔积；
• zip, bse=BASES, contrast=CONTRASTS指定仅bse和contrast按位置一一配对，生成(A,1)、(B,2)、(C,3)三组组合；
• 最终每个outputdir都会与这三组配对结合，生成你期望的6个文件路径。

另一种等价写法是先预定义配对组合，再做笛卡尔积：

# 先提前生成BASES与CONTRASTS的配对元组
PAIRS = list(zip(BASES, CONTRASTS))

ruleAll:
    input:
        expand(
            os.path.join("{outputdir}", "{bse}-{contrast}_comparison.bed"),
            outputdir=ALLOUTPUTS,
            bse=[pair[0] for pair in PAIRS],
            contrast=[pair[1] for pair in PAIRS]
        )

这两种写法都能生成你需要的文件路径：

outs1/A-1_comparison.bed
outs1/B-2_comparison.bed
outs1/C-3_comparison.bed
outs2/A-1_comparison.bed
outs2/B-2_comparison.bed
outs2/C-3_comparison.bed

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Al Bro