SLURM bash脚本跨文件夹复制文件失败，请求排查问题

问题场景 #

需要循环处理0-4号独立文件夹，处理第i个文件夹（i>0）时，从第i-1个文件夹复制file1到当前文件夹并命名为file2，但SLURM脚本中的复制操作始终失败，原脚本如下：

#!/usr/bin/bash
#SBATCH --time=120:00:00
#SBATCH --partition=...
#SBATCH --ntasks=...
#SBATCH --job-name ...
#SBATCH --nodes=...
#SBATCH --gpus-per-node=...
#SBATCH --cpus-per-gpu=...
#SBATCH --account=...
#SBATCH --qos=...
#SBATCH --output=slurm-out
#SBATCH --error=slurm_error


cd $SLURM_SUBMIT_DIR
module load gcc/9.3.0
for((i=0;i<=4;i++))
  do
      cd $i
      if [$i -gt 0]
      then
          j=$(($i - 1))
          cp $j/file1  ./file2 

      fi
    csh README > log
    cd ../
done

错误原因及修复 #

• 条件判断语法错误：[$i -gt 0] 缺少必要空格，bash中[是test命令的别名，前后必须加空格，否则会被解析为无效字符串，导致条件分支不执行。修复为：[ $i -gt 0 ]
• 相对路径错误：进入$i文件夹后，$j/file1是相对于当前$i目录的路径，而$j文件夹在上级目录，所以需要修正路径为../$j/file1，否则会在当前$i目录下寻找不存在的$j子文件夹。

修复后的核心脚本片段 #

for((i=0;i<=4;i++))
  do
      cd $i
      if [ $i -gt 0 ]
      then
          j=$(($i - 1))
          cp ../$j/file1  ./file2 

      fi
    csh README > log
    cd ../
done

内容的提问来源于stack exchange，提问作者amirbakh