使用WHO Anthro计算z-scores时非基线时间点报错问题

问题描述 #

使用WHO Anthro工具计算Z分数时，仅基线时间点运行正常，其余时间点均触发错误。基线计算时使用的是不同年龄变量，无异常。

复现代码 #

df <- structure(list(adm_sex = c(2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
1L, 2L), age_days_wk3 = c(531, 584, 667, NA, NA, NA, NA, 206, 
267, 310, 228, 222, 544, 558, 405, NA, NA, NA, NA, NA, 363, 393, 
328, 308, 434, 342, 325, 264, NA, 264, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
250, -240, NA, NA, NA, NA, NA), wkly_weightwk3 = c(7.23, 8.55, 
7.44, NA, NA, NA, NA, 4.2, 6.52, 5.87, 4.22, 5.79, 7.95, 6.25, 
7.06, NA, NA, NA, NA, NA, 6.68, 6.42, 7.86, 6.16, 7.1, 5.44, 
7.4, 5.76, NA, 5.22, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 6.83, 7.67, NA, 
NA, NA, NA, NA), ht_fwk3 = c(70.95, 79.2, 74.35, NA, NA, NA, 
NA, 59.45, 66.65, 65.25, 57.3, 61.75, 73.35, 71.9, 67.65, NA, 
NA, NA, NA, NA, 67.5, 68.45, 75.15, 68, 72, 63.2, 70.2, 62.55, 
NA, 59.45, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 66.55, 73.05, NA, NA, NA, 
NA, NA)), row.names = c(NA, 43L), class = "data.frame")

library(anthro)

with(df, 
     anthro_zscores(sex = adm_sex, 
                    age = age_days_wk3,
                    weight = wkly_weightwk3,
                    lenhei = ht_fwk3))

错误信息 #

原错误信息：
Error in round_up(res) : all(x >= 0, na.rm = TRUE) is not TRUE

中文翻译：
round_up(res) 出错：all(x >= 0, na.rm = TRUE) 不成立

问题分析 #

• 报错核心原因是年龄变量存在负值：查看age_days_wk3列，发现存在值为-240的异常数据，而anthro_zscores函数要求年龄必须为非负数（符合儿童年龄的生理逻辑）。
• 基线计算正常是因为当时使用的年龄变量没有这类负值异常。

解决方法 #

1. 清洗年龄数据 #

先处理掉年龄列中的负值，可选择以下两种方案：

# 方案1：将负值替换为NA
df$age_days_wk3[df$age_days_wk3 < 0] <- NA

# 方案2：删除包含负年龄的行
df_cleaned <- df[df$age_days_wk3 >= 0 | is.na(df$age_days_wk3), ]

2. 使用清洗后的数据重新计算Z分数 #

library(anthro)

# 以方案2的清洗后数据为例
with(df_cleaned, 
     anthro_zscores(sex = adm_sex, 
                    age = age_days_wk3,
                    weight = wkly_weightwk3,
                    lenhei = ht_fwk3))

额外检查 #

确认所有时间点的年龄变量：

• 无负值、无超出WHO Anthro适用范围的年龄（该工具通常针对0-5岁儿童，即0-1856天左右）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ABIP