使用Python从PubChem获取1176.784±0.01Da分子时请求报错400

错误原因 #

请求返回400是因为URL格式不符合PubChem API要求：原代码中用%f+-%0.3f拼接的范围字符串，会在URL中生成类似1176.784000 -0.005的格式（+在URL中被解析为空格），PubChem无法识别这种格式的质量范围查询。

修正后的代码 #

import requests

exact_mass = 1176.784  # 目标精确质量
tolerance = 0.01       # 总容差

# 计算质量范围的上下限
mass_low = exact_mass - tolerance / 2
mass_high = exact_mass + tolerance / 2

# 构造正确的API请求URL：用逗号分隔上下限
url = f"https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/list/exactmass/{mass_low:.3f},{mass_high:.3f}/property/IUPACName/JSON"

response = requests.get(url)

if response.ok:
    json_data = response.json()
    # 直接从PropertyTable中提取所有IUPAC名称，无需逐个请求CID
    properties = json_data.get("PropertyTable", {}).get("Properties", [])
    for prop in properties:
        iupac_name = prop.get("IUPACName")
        if iupac_name:
            print(iupac_name)
else:
    print(f'Error: 请求失败，状态码 {response.status_code}')
    # 打印响应内容，方便排查具体错误
    print(response.text)

关键修改点 #

• URL格式修正：用逗号分隔质量上下限（low,high），这是PubChem API认可的范围查询格式
• 减少请求次数：原代码先获取CID列表再逐个请求名称，修正后直接一次性获取所有符合条件的分子的IUPAC名称，提升效率
• 增加容错处理：用get()方法访问JSON字段，避免因字段缺失导致报错；打印响应内容便于排查API返回的具体错误信息

内容的提问来源于stack exchange，提问作者John Mommers