为何仅首个箱线图颜色可修改？ggplot2多组箱线图配色问题

你的问题出在scale_fill_manual的breaks参数设置上：Boxplots$SiteName会把数据里所有重复的站点名称都列出来（比如某个站点有几十条数据，breaks里就会重复几十次这个站点名），而你给的values只有6个颜色，ggplot只会匹配前几个唯一的站点，剩下的都用默认灰色。

修正方法二选一即可：

方法1：直接移除breaks参数 #

ggplot会自动根据fill=SiteName的唯一值来匹配颜色，不需要手动指定breaks：

ggplot(Boxplots, aes(x=SiteName, y= Concentration, fill=SiteName)) +
 geom_boxplot() +
 scale_y_log10() +
 theme_bw() +
 scale_fill_manual(values= c("blue", "cornflowerblue","cyan", "red", "darkred", "maroon"))

方法2：用唯一的站点名称作为breaks #

如果需要严格控制颜色和站点的对应顺序，就用unique(Boxplots$SiteName)获取不重复的站点列表：

ggplot(Boxplots, aes(x=SiteName, y= Concentration, fill=SiteName)) +
 geom_boxplot() +
 scale_y_log10() +
 theme_bw() +
 scale_fill_manual(breaks= unique(Boxplots$SiteName),
                   values= c("blue", "cornflowerblue","cyan", "red", "darkred", "maroon"))

这样每个箱线图就会对应你指定的颜色了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jaynesw