如何为R中矩阵生成的种群隔离距离散点图按区域着色？

核心思路 #

先建立种群与所属区域的映射关系，统一无序种群对的区域组合表示，再为不同组合分配对应颜色，最后将颜色向量传入绘图函数的col参数。

分步代码实现 #

1. 定义种群-区域映射向量
   确保向量名称与Dgeo/Dgen的行/列种群名完全一致：

# 示例：6个种群分属A、B、C三个区域
pop_region <- c("A", "A", "B", "B", "C", "C")
names(pop_region) <- c("pop1", "pop2", "pop3", "pop4", "pop5", "pop6")

2. 生成种群对的区域组合矩阵
   用outer函数生成所有种群对的区域组合，通过pmin/pmax统一无序对的表示（比如A-B和B-A都转为"A-B"）：

region_pairs <- outer(pop_region, pop_region, function(x, y) paste(pmin(x, y), pmax(x, y), sep = "-"))

3. 提取下三角区域的组合类型
   匹配距离矩阵lower.tri对应的种群对：

pair_types <- region_pairs[lower.tri(region_pairs)]

4. 定义颜色映射规则
   为每种区域组合指定颜色，可按需调整：

color_map <- c(
  "A-A" = "darkgreen",  # 同区域A
  "B-B" = "darkblue",   # 同区域B
  "C-C" = "darkred",    # 同区域C
  "A-B" = "olivedrab",  # A-B跨区域
  "A-C" = "orange",     # A-C跨区域
  "B-C" = "purple"      # B-C跨区域
)

5. 生成点颜色向量并绘图
   将组合类型转换为对应颜色，代入绘图函数：

point_colors <- color_map[pair_types]

plot(Dgeo[lower.tri(Dgeo)], Dgen[lower.tri(Dgen)],
     xlab = "地理距离", ylab = "遗传距离",
     pch = 20, cex = .5, col = point_colors, ylim = c(0, 1))

6. 添加图例（可选）
   方便识别不同颜色对应的组合：

legend("topleft", legend = names(color_map),
       col = color_map, pch = 20, cex = 0.8, title = "种群对区域组合")

注意事项 #

• 种群名称必须在pop_region、Dgeo、Dgen中完全一致，否则会出现颜色匹配错误
• 若区域数量或组合类型变化，只需调整pop_region和color_map即可适配

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Léa Amice-Mattei