如何移除Git子模块并确保拉取时自动删除文件系统中的子模块

问题根源：你之前的操作仅移除了主仓库对子模块的追踪，但其他开发者本地的子模块目录中包含子模块自身的.git文件夹及未被主仓库追踪的文件，Git拉取变更时无法自动删除非空目录，因此出现warning: unable to rmdir错误，目录变为未追踪状态。

针对你的场景（无法要求开发者执行额外命令），可以通过以下三步操作实现自动清理：

步骤1：彻底移除子模块并提交变更 #

# 解除子模块与主仓库的关联
git submodule deinit -f path/to/my_submodule
# 删除.git目录中存储的子模块数据
rm -rf .git/modules/path/to/my_submodule
# 从主仓库索引中移除子模块条目
git rm -f path/to/my_submodule
# 提交移除子模块的变更
git commit -m "Remove my_submodule submodule"

步骤2：创建临时文件强制删除子模块目录 #

# 创建临时文件（注意直接创建文件而非目录）
touch path/to/my_submodule
# 将临时文件加入索引并提交
git add path/to/my_submodule
git commit -m "Add temporary file to force deletion of submodule directory"

步骤3：删除临时文件并提交最终变更 #

# 删除临时文件
git rm path/to/my_submodule
# 提交最终清理变更
git commit -m "Remove temporary cleanup file"

原理说明 #

当其他开发者拉取这三个连续的commit时：

1. 第一个commit会移除子模块追踪，但本地子模块目录因非空无法被自动删除；
2. 第二个commit要求在原子模块路径创建文件，Git会自动删除已存在的非空目录（目录会阻碍文件创建），从而彻底清理子模块残留；
3. 第三个commit删除临时文件，最终仓库中不再存在该路径的任何内容。

此方法无需开发者执行git clean或其他额外命令，完全通过Git的提交变更自动完成清理，适配Git 2.25.1版本。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者justauser