如何读取双列文件并将每列作为配对输入传入GNU parallel

要让GNU Parallel正确读取每行中的配对文件路径并作为两个独立参数传入目标命令，你需要明确告诉它如何拆分每行内容。这里提供两种可靠的实现方式：

方法1：使用--colsep拆分每行（推荐） #

你的list.files.r12.txt每行由空白字符分隔两个文件路径，通过--colsep指定分隔规则后，Parallel会自动将每行拆分为{1}和{2}两个参数，分别对应R1和R2文件：

# 先用echo验证输出格式
parallel -j 1 --colsep '\s+' "echo program ... {1} {2}" :::: list.files.r12.txt

# 替换为实际需要执行的命令
parallel -j [并行任务数] --colsep '\s+' "program ... {1} {2}" :::: list.files.r12.txt

\s+用于匹配一个或多个空格/制表符，完美适配paste生成的文件格式。

方法2：拆分文件为两个独立参数列表 #

如果不想使用--colsep，可以用awk分别提取每行的两个字段，作为Parallel的两个输入源：

# 先用echo验证输出格式
parallel -j 1 "echo program ... {1} {2}" ::: $(awk '{print $1}' list.files.r12.txt) ::: $(awk '{print $2}' list.files.r12.txt)

注意：若文件名包含空格，这种方法会出错，因此优先推荐方法1。

为什么之前的测试命令无效？ #

• echo {} {}：{}代表每行的整体内容，因此会重复输出整行；
• echo {1} {2}：你仅提供了一个参数源（整行内容），Parallel没有第二个参数来源，所以{2}无法获取对应值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者M. Beausoleil