在R的reticulate中加载pandas报错：缺少GLIBCXX_3.4.29

问题描述 #

尝试用R的reticulate包加载Python的pandas包，已安装Python3.8并通过conda安装pandas，Python中可正常导入pandas，但在R中执行pd <- import("pandas")时出现错误：

> pd <- import("pandas")
Error in py_module_import(module, convert = convert) :
  ImportError: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found (required by /home/mnd/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pandas/_libs/window/aggregations.cpython-38-x86_64-linux-gnu.so)

系统的/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6仅包含GLIBCXX_3.4至GLIBCXX_3.4.28版本，尝试通过reticulate::py_install("pandas", force = TRUE)重新安装pandas后，问题依旧。

解决方案 #

方法1：让reticulate优先使用conda环境的libstdc++ #

conda环境自带较新的libstdc++库，可通过设置环境变量让R优先加载该库：

• 在R中执行（替换为你的conda环境路径）：

  Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = "/home/mnd/miniconda/lib:$LD_LIBRARY_PATH")
  library(reticulate)
  use_condaenv("你的conda环境名称") # 若使用base环境可省略
  pd <- import("pandas")
  

• 或在终端启动R前设置环境变量：

  export LD_LIBRARY_PATH="/home/mnd/miniconda/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
  R
  

方法2：安装兼容低版本GLIBCXX的pandas版本 #

高版本pandas依赖较新的libstdc++，可安装对GLIBCXX要求更低的版本（比如1.3.x系列）：

• 在conda环境中执行：

  conda install pandas=1.3.5
  

• 或通过reticulate在R中安装：

  reticulate::py_install("pandas==1.3.5", force = TRUE)
  

方法3：手动更新系统libstdc++库 #

若系统允许，可更新libstdc++到包含GLIBCXX_3.4.29的版本：

• 通过系统软件源更新（以Debian/Ubuntu为例）：

  sudo apt update
  sudo apt install --only-upgrade libstdc++6
  

• 若软件源无更新版本，可从conda复制库文件到系统目录（注意备份原文件）：

  sudo cp /home/mnd/miniconda/lib/libstdc++.so.6 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user1701545