RMarkdown PDF中ggplot2绘图并排及图注丢失问题求助

问题根源 #

1. par(mfrow)对ggplot2无效：基础绘图依赖base绘图系统，par()是该系统的全局参数，但ggplot2基于grid绘图系统，完全不识别par(mfrow)这类布局设置，所以调用后不会生效。
2. fig.show="hold"丢图注：这个参数会把代码块内的所有图合并成一个输出区块，但RMarkdown的图注是与代码块绑定的——一个代码块只能指定一个fig.cap，无法给多个图分别添加图注，最终就会出现单个图注丢失的情况。

可行解决方案 #

方法1：用patchwork包（推荐）

patchwork是专门用于拼接ggplot2图的工具，语法简洁，能灵活控制布局，同时支持给每个图添加单独标注：

library(ggplot2)
library(patchwork)

# 生成两个ggplot绘图对象
p1 <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) + geom_point() + labs(title = "图1：mpg与wt的关系")
p2 <- ggplot(mtcars, aes(hp, qsec)) + geom_point() + labs(title = "图2：hp与qsec的关系")

# 横向并排拼接
p1 + p2 + plot_layout(ncol = 2)

如果需要给拼接后的整体加统一图注，直接在代码块中设置fig.cap即可；若要每个图的独立标注，用ggplot的labs()函数单独配置就行。

方法2：用LaTeX分栏（适合需独立图注的场景）

因为是PDF输出，直接借助LaTeX的minipage实现分栏，每个栏内放置一个独立代码块，这样每个图都能拥有专属的fig.cap：

\begin{minipage}{0.48\textwidth}
```{r plot1, fig.cap="图1：mpg与wt的散点图"}
ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) + geom_point()

\end{minipage}
\hfill % 添加空白分隔
\begin{minipage}{0.48\textwidth}

ggplot(mtcars, aes(hp, qsec)) + geom_point()

\end{minipage}

这种方式能完美保留每个图的独立图注，排版自由度也很高。

#### 方法3：用gridExtra包的grid.arrange
这是比较传统的ggplot拼接方式，同样能实现并排效果：
```r
library(ggplot2)
library(gridExtra)

p1 <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) + geom_point()
p2 <- ggplot(mtcars, aes(hp, qsec)) + geom_point()

# 横向排列两个图
grid.arrange(p1, p2, ncol = 2)

可以通过代码块的fig.cap给拼接后的整体加统一图注，也能在每个ggplot对象中通过labs()设置单独标注。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Haribo