在R Studio中使用brms包编译Stan模型时遇链接错误求助

问题描述 #

在Windows 10系统下，使用R 4.2.2、brms 2.18.0运行以下brms模型时出现编译错误，该模型在旧电脑可正常运行，新电脑报错，且已重装R、RStudio、rtools仍未解决：

模型代码：

model <- brm(bf(formula),
             data   = df_region,
             prior = bpriors,
             warmup = 1000,
             iter   = 5000,
             chains = 2,
             cores  = 4)

核心错误信息：

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : 
  C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file47887957199b.o:file47887957199b.cpp:(.text$_ZN3tbb8internal26task_scheduler_observer_v3D0Ev[_ZN3tbb8internal26task_scheduler_observer_v3D0Ev]+0x1d): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'
...
Error in sink(type = "output") : invalid connection

解决方案 #

1. 修正Makevars.win配置 #

错误源于TBB（线程构建模块）库链接失败，需调整.R/Makevars.win文件：

• 找到路径C:/Users/ozgur.alptekin/OneDrive - insidemedia.net/Documents/.R/Makevars.win
• 打开文件添加以下内容：

  STAN_LIBS += -ltbb
  

• 保存后重启RStudio，重新运行模型。

2. 临时禁用并行编译 #

绕过TBB并行依赖，先尝试单核心编译：
在运行模型前执行：

options(mc.cores = 1)

再执行原模型代码。

3. 更新brms与rstan版本 #

旧版本brms（2.18.0）可能与R 4.2.2、rtools42存在兼容性问题：

• 更新brms：

  install.packages("brms", dependencies = TRUE)
  

• 更新rstan（brms依赖库）：

  install.packages("rstan", dependencies = TRUE)
  

更新完成后重启RStudio重试。

4. 检查rtools42环境变量 #

确保rtools42路径正确加入系统环境变量：

• 打开系统环境变量，确认PATH包含C:\rtools42\usr\bin和C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin
• 若未添加，手动添加后重启电脑，再打开RStudio尝试编译。

5. 清理Stan编译缓存 #

旧编译缓存可能导致冲突，执行以下代码清理：

rm(list = ls())
gc()
rstan::rstan_options(auto_write = FALSE)
unlink(file.path(tempdir(), "rstan"), recursive = TRUE)

清理后重新运行模型。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ozgur Alptekın