R语言circlize包：如何在弦图各扇区内按年份分组

要实现按年份分组扇区，核心是将组织(Org)与年份(Year)组合成新的扇区标识，并给这些新扇区指定对应的年份分组。以下是具体步骤：

1. 生成带年份的扇区名称 #

将每个组织和对应的年份拼接成新的扇区ID，这样每个扇区代表「某年份的某组织」：

# 生成带年份的扇区列
stack.df$Org_1_Year <- paste(stack.df$Org_1, stack.df$Year, sep = "_")
stack.df$Org_2_Year <- paste(stack.df$Org_2, stack.df$Year, sep = "_")

2. 准备分组向量 #

创建命名向量，其中名称是带年份的扇区ID，值是对应的年份，确保同一年份的扇区被归为一组：

# 获取所有带年份的扇区
all_sectors <- union(stack.df$Org_1_Year, stack.df$Org_2_Year)
# 提取每个扇区对应的年份作为分组
group_vec <- sapply(all_sectors, function(x) strsplit(x, "_")[[1]][2])
# 设置命名（扇区ID为名称，年份为分组值）
names(group_vec) <- all_sectors

3. 准备带年份扇区的颜色映射 #

沿用原组织的颜色，给每个带年份的扇区分配对应颜色：

year_sector_cols <- sapply(all_sectors, function(x) {
  org <- strsplit(x, "_")[[1]][1]
  Type_Cols[org]
})

4. 绘制带年份分组的弦图 #

使用新的扇区列，指定group参数完成分组，并可调整分组的显示样式：

library(circlize)

chordDiagramFromDataFrame(stack.df[, c("Org_1_Year", "Org_2_Year")],
                          group = group_vec,  # 关键：指定分组向量
                          grid.col = year_sector_cols,
                          link.lty = stack.df$lty,
                          directional = 1,
                          direction.type = "arrows",
                          link.arr.col = c("black", rep("white", nrow(stack.df) - 1)),
                          group.height = 0.05,  # 分组之间的间隔高度
                          group.col = unique(stack.df$Link_cols)  # 分组标签的颜色
                          )

# 自定义分组标签显示（可选，优化标签方向）
circos.track(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
  if(abs(CELL_META$xcenter) < 1e-6) {
    circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ylim[1], CELL_META$group, 
                facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0, 0.5))
  }
}, bg.border = NA)

为什么之前的尝试失败？ #

你之前的group向量格式错误：circlize要求group是命名向量，名称为扇区ID，值为该扇区所属的组。同时，原始的扇区是不带年份的组织（如OOP），每个组织跨多个年份，无法直接给单个组织指定唯一分组，必须将组织与年份组合成新扇区，才能按年份实现分组。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Purrsia