重定向R Markdown输出路径时触发'id未找到'错误，求解决方案

问题背景 #

我有一个Rmd文件，会调用执行数据获取与清洗的R脚本。初始YAML配置如下：

title: ''
author: ''
date: ''
output: 
  word_document:
    reference_docx: "docs/template.docx"

在Rmd的代码块里定义了id供脚本使用：

id <- 'MY-ID-01'

library(packages needed)

opts_chunk$set(echo = FALSE, 
               message = FALSE, 
               warning = FALSE, 
               dpi = 300)

source('scripts/data_cleaning.R') # 该脚本需要用到id对象

原本运行正常，但修改YAML添加自定义knit函数，把Word输出重定向到docs文件夹后：

title: ''
author: ''
date: ''
output: 
  word_document:
    reference_docx: "docs/template.docx"
knit: (function(inputFile, encoding) {
      out_dir <- "docs";
      rmarkdown::render(inputFile,
                        encoding=encoding,
                        output_dir=file.path(dirname(inputFile), out_dir))})

出现错误：

Error in eval(parse(test = test, keep.source = FALSE, envir) :
  object 'id' not found
Calls: <Anonymous ... <Anonymous> -> %||% .transformer -> eval -> eval
Execution halted

直接在data_cleaning.R里定义id，或者把脚本代码移入Rmd代码块，就能正常生成文件到docs文件夹。

问题原因 #

• 自定义knit函数会触发rmarkdown::render在全新的子进程会话中执行，这个子进程不会继承原Rmd代码块执行时创建的环境变量（包括id）。
• 标准YAML配置下，Rmd是在当前会话中按顺序执行代码块，id会被加载到全局环境，source的脚本能直接读取；但自定义knit函数启动的新会话里没有原会话的变量，因此脚本找不到id。

解决建议 #

• 方法1：显式传递环境给脚本
  修改source调用时指定本地环境，让脚本能读取当前代码块的变量：

  source('scripts/data_cleaning.R', local = environment())
  

• 方法2：在knit函数中定义或传递环境
  把id定义在自定义knit函数里，或者指定render的envir参数让子进程继承环境：

  knit: (function(inputFile, encoding) {
        id <- 'MY-ID-01'
        out_dir <- "docs";
        rmarkdown::render(inputFile,
                          encoding=encoding,
                          output_dir=file.path(dirname(inputFile), out_dir),
                          envir = globalenv())})
  

  如果需要动态修改id，可以从外部配置文件读取，避免硬编码。

• 方法3：用Rmd参数传递id
  在YAML中定义参数，再在代码块中调用，这种方式更灵活：
  YAML添加参数配置：

  params:
    id: 'MY-ID-01'
  

  Rmd代码块中读取参数：

  id <- params$id
  source('scripts/data_cleaning.R', local = environment())
  

  渲染时还能通过rmarkdown::render(..., params = list(id = "NEW-ID"))动态修改id。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者B_to_the_P