使用survival包coxph()时，如何显示系数的分组对比基线信息？

要让coxph()的输出明确显示变量的分组对比基线（包括多分类变量），可以用以下几种方法：

1. 使用summary()函数查看详细结果 #

coxph()的默认打印输出只展示核心系数信息，不会标注参考基线，但summary()函数的输出会明确给出对比的参考水平。运行以下代码：

summary(res.cox)

在输出的Coefficients板块中，sex对应的行标注为sex=2，这代表它是以sex=1（男性）作为基线进行对比的——lung数据集里sex的定义为1=男性，2=女性。对于多分类变量，summary()会逐个展示非参考组相对于参考组的系数与对比关系。

2. 使用gtsummary包生成直观格式化输出 #

gtsummary包的tbl_regression()函数能生成可读性极强的回归结果表格，直接标注参考组。操作步骤如下：
先安装并加载包：

install.packages("gtsummary")
library(gtsummary)

再生成表格：

tbl_regression(res.cox, exponentiate = TRUE)

输出的表格会清晰显示每个变量的参考组，以及其他分组相对于参考组的HR值、置信区间等信息，多分类变量的对比关系也一目了然。

3. 提前将变量转为因子并指定参考水平 #

如果想让coxph()的默认输出也隐含明确的基线信息，可提前把变量转为因子并指定参考组。比如处理sex变量：

lung$sex <- factor(lung$sex, levels = c(1, 2), labels = c("男性（基线）", "女性"))
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
res.cox

此时默认输出里的sex女性就明确表示是和男性（基线）对比的结果，多分类变量同理，只要在转因子时指定好参考水平即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Village.Idyot