ggplot中scale_fill_viridis_c()无法修改点颜色的原因及解决

• 你代码里的geom_point用color映射控制点的颜色，但scale_fill_viridis_c()管的是填充色（比如柱状图内部、密度图区域的颜色），和点的color参数不搭边，所以调这个函数的参数完全不会影响点的颜色。
• 另外，e2f_F8HET@active.ident是Seurat对象的聚类标识，属于离散型分组，而scale_fill_viridis_c()里的c代表连续型（continuous），本身就和离散变量不匹配。

根据变量类型替换对应的颜色比例尺：

1. 针对离散聚类分组（绝大多数场景），用离散版的viridis颜色比例尺：

F8HET <- ggplot(F8HET_phate) + 
  geom_point(aes(PHATE1, PHATE2, color = e2f_F8HET@active.ident)) +
  labs(color = "Cluster") + 
  scale_color_viridis_d() +  # 替换成离散型颜色比例尺
  ggtitle("F8HET")

2. 如果你的变量是连续数值型（很少用active.ident的情况），就用对应连续版的颜色比例尺：

F8HET <- ggplot(F8HET_phate) + 
  geom_point(aes(PHATE1, PHATE2, color = e2f_F8HET@active.ident)) +
  labs(color = "Cluster") + 
  scale_color_viridis_c(option = "magma") +  # 这里调整参数会生效
  ggtitle("F8HET")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者WantaghMomma