如何在R中按文件名规则筛选重命名文件并批量循环处理

实现步骤与代码 #

1. 设置工作目录
   替换为你的fastq文件所在的实际路径：

setwd("/path/to/your/fastq/files")

2. 获取目标文件列表
   筛选目录下所有.fastq格式的文件：

fastq_files <- list.files(pattern = "\\.fastq$", full.names = TRUE)

3. 批量处理文件
   循环遍历每个文件，判断是否符合保留条件，完成重命名或删除操作：

for (file in fastq_files) {
  # 提取纯文件名（去除路径）
  filename <- basename(file)
  # 拆分文件名：分离前缀（如T1-T1）和后缀（如R1.fastq）
  name_split <- strsplit(filename, "_")[[1]]
  prefix <- name_split[1]
  suffix <- paste(name_split[-1], collapse = "_")
  
  # 拆分前缀中的短横线部分
  prefix_parts <- strsplit(prefix, "-")[[1]]
  
  # 判断短横线前后字符是否一致
  if (length(prefix_parts) == 2 && prefix_parts[1] == prefix_parts[2]) {
    # 生成新文件名并重命名
    new_name <- paste(prefix_parts[1], suffix, sep = "_")
    file.rename(file, file.path(dirname(file), new_name))
    cat("重命名完成：", filename, "→", new_name, "\n")
  } else {
    # 删除不符合条件的文件
    file.remove(file)
    cat("已删除文件：", filename, "\n")
  }
}

注意事项 #

• 运行代码前务必备份原始文件，避免误操作导致数据丢失
• 如果文件名包含多个下划线或短横线，可根据实际格式调整strsplit的分隔符和拆分逻辑
• 代码仅处理.fastq后缀的文件，若需包含.fastq.gz等格式，可修改pattern参数为"\\.fastq(\\.gz)?$"

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andhika Prasetyo