使用git filter-repo后同一提交哈希对应不同树哈希的异常

在使用git filter-repo工具的--replace-text选项改写仓库后，出现了违反Git基本公理的异常：两个仓库中存在相同的提交哈希，但对应的树哈希和树内容完全不同（排除极难复现的哈希碰撞情况），且该问题可通过简单步骤复现。

复现步骤 #

1. 初始化名为test_repo的仓库，创建如下提交历史：

$ git log -p
commit 00fc46c3372592059ff63bc0dfb610d8e583fa3e (HEAD -> master)
Author: REDACTED
Date:   Thu Mar 9 10:04:38 2023 +0000

    second change

diff --git a/foo b/foo
index 8d5d568..243cf01 100644
--- a/foo
+++ b/foo
@@ -1,2 +1,4 @@
 initial
 
+zzzzz
+

commit 19f6a7da7e8d9ca30a644872167bd7f17c3b5f92
Author: REDACTED
Date:   Thu Mar 9 10:04:23 2023 +0000

    blah

diff --git a/foo b/foo
new file mode 100644
index 0000000..8d5d568
--- /dev/null
+++ b/foo
@@ -0,0 +1,2 @@
+initial
+

2. 创建文本替换文件repl_file，内容为：

zzz==>yyyy

3. 克隆仓库并执行改写操作：

git clone . ../test_repo_mod
cd ../test_repo_mod
git filter-repo --replace-text ../test_repo/repl_file

改写后初始提交哈希保持不变（符合预期，因为替换未影响它），第二个提交哈希变更，内容更新为：

$ git show
commit a2b5518f99f3a42d55931021e4a79c59f0971734 (HEAD -> master)
Author: REDACTED
Date:   Thu Mar 9 10:04:38 2023 +0000

    second change

diff --git a/foo b/foo
index 8d5d568..5d94489 100644
--- a/foo
+++ b/foo
@@ -1,2 +1,4 @@
 initial
 
+yyyyzz
+

异常现象 #

将原仓库历史拉取到改写后的仓库后，出现异常：

$ git remote add prefilter ../test_repo
$ git fetch prefilter
[output removed]

$ git log --graph --all  --pretty=format:'(%D) H:%H - T:%T' 
* (master) H:a2b5518f99f3a42d55931021e4a79c59f0971734 - T:0258b53a79efebb3a1a18fae2f5f2b26338bfaf8
| * (HEAD, replaced, prefilter/master) H:00fc46c3372592059ff63bc0dfb610d8e583fa3e - T:0258b53a79efebb3a1a18fae2f5f2b26338bfaf8
|/  
* () H:19f6a7da7e8d9ca30a644872167bd7f17c3b5f92 - T:6f3003a0d9bd438abda8b48741b0b0a68925dcfc

原仓库的对应日志：

$ cd ../test_repo
$ git log --graph --all  --pretty=format:'(%D) H:%H - T:%T' 
* (HEAD -> master) H:00fc46c3372592059ff63bc0dfb610d8e583fa3e - T:179af78895dc9c453df9caa00ed83b7c5bb9a378
* () H:19f6a7da7e8d9ca30a644872167bd7f17c3b5f92 - T:6f3003a0d9bd438abda8b48741b0b0a68925dcfc

可见提交哈希00fc46c3372592059ff63bc0dfb610d8e583fa3e在两个仓库中对应完全不同的树哈希，且git fsck未检测到任何错误，排除filter-repo损坏数据的可能。

附加验证（git cat-file输出对比） #

原仓库中该提交的内容：

$ git cat-file -p 00fc46c3372592059ff63bc0dfb610d8e583fa3e
tree 179af78895dc9c453df9caa00ed83b7c5bb9a378
parent 19f6a7da7e8d9ca30a644872167bd7f17c3b5f92
author REDACTED 1678356278 +0000
committer REDACTED 1678356278 +0000

second change

改写后仓库中该提交的内容：

$ git cat-file -p 00fc46c3372592059ff63bc0dfb610d8e583fa3e
tree 0258b53a79efebb3a1a18fae2f5f2b26338bfaf8
parent 19f6a7da7e8d9ca30a644872167bd7f17c3b5f92
author REDACTED 1678356278 +0000
committer REDACTED 1678356278 +0000

second change

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jeremy