如何在R中透视DataFrame以绘制药物为列、Score为行的热力图？

首先需要调整数据结构，将Score作为热力图的行标签，药物变量作为列，对应的0/1值作为热力图的填充数据。可以按以下步骤实现：

1. 数据预处理 #

先把Score列设置为数据框的行名，然后提取所有药物列转换成矩阵（热力图函数通常需要矩阵格式输入）：

# 设置行名为Score
rownames(df) <- df$Score
# 提取药物列并转为矩阵
drug_matrix <- as.matrix(df[, grep("Drug", colnames(df))])
# 按Score排序（可选，让行按Score从小到大排列）
drug_matrix <- drug_matrix[order(as.numeric(rownames(drug_matrix))), ]

2. 绘制热力图 #

使用R基础包的heatmap()函数绘制，调整参数让药物作为列、Score作为行，样式匹配需求：

heatmap(drug_matrix, 
        Rowv = NA, Colv = NA,  # 不进行聚类排序
        scale = "none",        # 不缩放数据
        col = c("#ffffff", "#2c3e50"),  # 0用白色，1用深色，可自定义
        labRow = rownames(drug_matrix), # 显示Score作为行标签
        labCol = colnames(drug_matrix), # 显示药物作为列标签
        main = "药物-得分热力图",
        xlab = "药物",
        ylab = "得分")

关键参数说明 #

• Rowv = NA和Colv = NA：关闭行和列的聚类排序，保持原始的药物列顺序和排序后的Score行顺序
• col：自定义颜色映射，这里用白色代表0（未使用药物），深色代表1（使用药物），可根据需求替换颜色代码
• labRow/labCol：确保行和列显示对应的Score和药物名称

如果需要更美观的样式，也可以使用pheatmap包，代码如下：

# 先安装并加载包
# install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)

pheatmap(drug_matrix,
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         color = c("#ffffff", "#2c3e50"),
         main = "药物-得分热力图",
         labels_row = rownames(drug_matrix),
         labels_col = colnames(drug_matrix))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jamie