在ggplot分面条形图中添加p值至分类名旁且不显示于图例

1. 按p值显著性排序分类 #

在数据重塑前，先将taxon列转换为按p值从小到大排序的因子，这样分面会自动按显著性从高到低排列：

taxonFC1 <- taxonFC1 %>%
  mutate(taxon = fct_reorder(taxon, pvalue))

2. 分面标题显示p值，图例保留原名称 #

不要直接修改taxon列，而是在facet_wrap中使用labeller函数自定义分面标签，把细菌名称和p值拼接起来，图例会自动沿用原始的taxon名称：

taxonFC1 %>%
  rename(lfc_time.fT0 = lfc_StatusChronic.ACST0., 
         se_Time.fT0 = se_StatusChronic.ACST0.) %>%
  pivot_longer(-taxon, names_pattern="(.*)_[Tt]ime\\.f(.*)", 
               names_to = c(".value", "time")) %>% 
  ggplot(aes(x = time, y = lfc, ymin = lfc - se, ymax = lfc + se, fill = taxon)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  geom_errorbar(width=.4) + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) +
  scale_fill_brewer(palette="Paired") + 
  xlab("") +
  ylab("LogFC") +
  # 自定义分面标签，拼接taxon和pvalue
  facet_wrap(~taxon, ncol=3, 
             labeller = labeller(taxon = function(x) {
               # 匹配每个taxon对应的pvalue
               p_vals <- taxonFC1$pvalue[match(x, taxonFC1$taxon)]
               paste0(x, " (p-value = ", p_vals, ")")
             })) + 
  ggtitle("9 taxas") +
  scale_x_discrete(labels = c("ACs & Chronic", "T1 Vs T0", "T2 Vs T0", "T3 Vs T0", "T4 Vs T0", "T5 Vs T0"))

关键说明 #

• fct_reorder(taxon, pvalue)：把taxon转换成因子，排序依据是pvalue的大小，p值越小（越显著）的分类排在前面。
• labeller函数：单独为分面标题生成带p值的文本，不会影响图例的显示内容，完美解决修改原始列导致图例带p值的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者WindSur