在Compute Canada用OpenMPI运行irace失败的原因与修复方案

在Compute Canada上运行irace并使用openmpi模块时，始终出现以下错误：

mpirun was unable to launch the specified application as it could not access or execute an executable:
Executable: /scratch/irace/test.R
Node: niaXXXX
while attempting to start process rank 0.

使用的bash脚本如下：

#!/bin/sh
#SBATCH --nodes=5
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --mem=0
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=/scratch/irace/irace-%j.out
#SBATCH --error=/scratch/irace/irace-%j.err

module load NiaEnv/2019b
module load gcc
module load r
module load openmpi

cd /scratch/irace
mpirun -np 5 /scratch/irace/test.R --parallel 4

提交作业后运行失败，但将最后一行替换为：

Rscript ./test.R 

后，脚本可正常运行并输出结果。

问题原因 #

1. .R文件不是可执行程序：mpirun默认直接执行传入的路径，但.R脚本本身没有可执行权限，也不属于二进制可执行文件，无法被mpirun直接调用执行。
2. 缺少解释器指定：即使给.R文件加上可执行权限，系统也不知道要用R解释器来运行它，除非脚本开头添加#!/usr/bin/env Rscript这类shebang声明。

修复步骤 #

针对Compute Canada的环境，有两种可行的修复方式：

方式一：让mpirun调用Rscript执行脚本 #

修改作业脚本的最后一行，让mpirun启动Rscript进程，再由Rscript加载运行.R脚本：

mpirun -np 5 Rscript /scratch/irace/test.R --parallel 4

方式二：给.R脚本添加可执行权限与shebang声明 #

1. 编辑test.R脚本，在文件最顶部添加一行shebang：

#!/usr/bin/env Rscript

2. 在终端给脚本添加可执行权限：

chmod +x /scratch/irace/test.R

3. 保持作业脚本最后一行不变，重新提交作业即可。

额外提示：你的SBATCH参数申请了5个节点共200核心，但mpirun -np 5仅启动5个进程，可能未充分利用资源，可根据irace的并行需求调整-np的数值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Phoebe