如何修改CCA的ordiplot()仅显示物种标签与环境变量

你可以通过调整ordiplot()的display、type和points参数实现需求，修改后的代码如下：

library(vegan)
data("dune")
data("dune.env")

ord <- cca(dune ~ A1 + Moisture + Management + Use + Manure, data = dune.env)

# 仅展示环境变量箭头和物种名称标签，隐藏样点与物种点
ordiplot(ord, 
         display = c("species", "cnm"),  # 指定展示物种和约束性环境变量
         type = "text",                  # 物种以文本标签形式呈现，不显示点
         points = FALSE,                 # 彻底隐藏样点
         col = list(species = "black", cnm = "darkred")  # 可选：区分物种标签和环境变量颜色
)

参数说明： #

• display = c("species", "cnm")：筛选图中展示的元素，species对应物种，cnm对应CCA的约束性环境变量（无约束排序用nm），直接排除了样点（sites）。
• type = "text"：将物种的默认点标记替换为物种名称文本。
• points = FALSE：双重保障，确保样点不会被意外显示。
• 可选的col参数：给不同元素设置颜色，提升图的可读性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者fre1990