如何在tbl_regression(gtsummary)中正确显示1-HR的置信区间顺序？

问题核心在于：当你用1 - HR计算VE时，HR的置信区间上下限会对应VE的上下限反转——HR的下限对应VE的上限，HR的上限对应VE的下限。直接用estimate_fun仅转换点估计，不会调整CI的顺序，导致显示的CI顺序错误。

正确解决方案 #

通过modify_table_body先调整估计值和CI的数值及顺序，再格式化输出：

library(gtsummary)

# 假设已拟合Cox模型m1_cox
tbl_ve <- tbl_regression(m1_cox, exponentiate = TRUE) %>%
  # 修改表格主体，转换为VE并调整CI顺序
  modify_table_body(
    ~ .x %>%
      mutate(
        estimate = 1 - estimate,  # 转换点估计为VE
        # 交换CI上下限并转换为VE的CI：HR上限→VE下限，HR下限→VE上限
        temp = conf.low,
        conf.low = 1 - conf.high,
        conf.high = 1 - temp
      ) %>%
      select(-temp)
  ) %>%
  # 格式化所有数值保留2位小数
  modify_fmt_fun(
    columns = c(estimate, conf.low, conf.high),
    fmt_fun = ~ round(.x, 2)
  ) %>%
  # 修改表头为疫苗效力
  modify_header(estimate = "**疫苗效力(VE)**")

步骤解释 #

• tbl_regression(m1_cox, exponentiate = TRUE)：先生成HR及其CI的基础表格（这一步是必要的，因为Cox模型默认输出系数，exponentiate参数将系数转换为HR）。
• modify_table_body：
  • 将estimate字段转换为1 - HR，得到VE的点估计值。
  • 通过临时变量交换CI上下限，并转换为VE的CI：1 - HR上限作为VE的下限，1 - HR下限作为VE的上限，确保CI顺序正确。
• modify_fmt_fun：统一格式化estimate、conf.low、conf.high字段的数值，保留2位小数。
• modify_header：将表头修改为更直观的“疫苗效力(VE)”，提升表格可读性。

这样处理后，表格会显示正确顺序的VE及其置信区间（下限CI - 上限CI）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tamara Barusová