运行NextFlow RNAseq测试流水线时遭遇权限错误求助

我在Ubuntu 22.04.2 LTS上尝试运行nf-core/rnaseq的最小测试流水线，执行命令：

nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.10.0 -profile test,docker --outdir /home/kai/RNASeq/rnaseq_test/test_output

执行后返回如下错误：

Error executing process > 'NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:PREPARE_GENOME:GTF2BED (genome_gfp.gtf)'

Caused by:
  Process `NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:PREPARE_GENOME:GTF2BED (genome_gfp.gtf)` terminated with an error exit status (1)

Command executed:

  gtf2bed \
      genome_gfp.gtf \
      > genome_gfp.bed
  
  cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
  "NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:PREPARE_GENOME:GTF2BED":
      perl: $(echo $(perl --version 2>&1) | sed 's/.*v\(.*\)) built.*/\1/')
  END_VERSIONS

Command exit status:
  1

Command output:
  (empty)

Command error:
  touch: .command.trace: Permission denied

已尝试的排查步骤 #

• 检查Docker是否以非root用户运行，未排除权限问题可能
• 在NextFlow模块脚本前添加beforeScript 'chmod o+rw .'指令

解决建议 #

• 确保Docker非root用户权限配置正确：确认当前用户已加入docker用户组，执行groups查看，若未包含docker组，执行sudo usermod -aG docker $USER，然后重新登录会话生效
• 修改输出目录权限：给输出目录开放足够权限，执行sudo chmod -R 775 /home/kai/RNASeq/rnaseq_test/test_output，或者确保该目录所属用户与运行Nextflow的用户一致
• 使用Nextflow的-u参数：运行命令时添加-u $(id -u):$(id -g)，强制Docker容器以当前宿主用户UID/GID运行，避免权限不匹配：

  nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.10.0 -profile test,docker -u $(id -u):$(id -g) --outdir /home/kai/RNASeq/rnaseq_test/test_output
  

• 指定Nextflow工作目录：Nextflow默认使用当前目录作为工作目录，若当前目录权限不足，可通过-work-dir指定其他有权限的临时目录：

  nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.10.0 -profile test,docker -work-dir /tmp/nextflow_work --outdir /home/kai/RNASeq/rnaseq_test/test_output
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者KLM117