求助：基于Kraken报告制作readsRooted占比的填充柱状图

你的问题出在geom_bar()的默认行为上——它默认执行计数统计（stat="count"），而不是直接使用你提供的readsRooted数值。要实现按readsRooted占比的堆叠柱状图，按以下步骤操作即可：

1. 计算物种reads占比 #

先基于原始数据计算每个物种的reads数占总reads数的百分比：

library(dplyr)

# 生成百分比列
df <- df %>%
  mutate(total_reads = sum(readsRooted),
         percent = (readsRooted / total_reads) * 100)

2. 绘制堆叠柱状图 #

使用geom_col()（等价于geom_bar(stat="identity")）直接调用数值，而非让ggplot自动计数：

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x = taxRank, y = percent, fill = sciName)) +
  geom_col() +
  # 可选：添加百分比标签，让占比更直观
  geom_text(aes(label = paste0(round(percent, 1), "%")),
            position = position_stack(vjust = 0.5), size = 3) +
  # 设置图表标签
  labs(x = "分类等级",
       y = "占比 (%)",
       fill = "物种名称",
       title = "物种Reads占比分布") +
  theme_minimal()

原代码无效的原因 #

原代码ggplot(fam.kreport, aes(x = taxRank, fill = sciName)) + geom_bar()中，geom_bar()默认统计每个sciName的出现次数（这里每个物种仅1行数据，所以每个堆叠部分高度都为1），完全没有用到readsRooted的数值，因此无法反映实际的reads占比。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mohamed Aziz Hadj Nasr