使用descr包CrossTable做Fisher精确检验遇FEXACT错误6的问询

问题背景 #

使用R语言descr包的CrossTable函数进行列联表两两比较，因数据非正态且单元格计数低，选择Fisher精确检验。运行时抛出如下错误：

Error in fisher.test(tab, alternative = "two.sided") : 
  FEXACT error 6.  LDKEY=616 is too small for this problem,
  (ii := key2[itp=960] = 5666926, ldstp=18480)
Try increasing the size of the workspace and possibly 'mult'
In addition: Warning message:
In chisq.test(tab, correct = FALSE, ...) :
  Chi-squared approximation may be incorrect

已知fisher.test出现此类错误时，可通过增大workspace参数或设置simulate.p.value = TRUE解决，但不清楚如何将这些参数传入CrossTable内部调用的fisher.test。

所用列联表数据定义如下：

x <- 
structure(c(45L, 15L, 0L, 0L, 16L, 3L, 238L, 317L, 2L, 35L, 47L, 
1L, 15L, 20L, 0L, 22L, 14L, 0L, 20L, 183L, 25L), dim = c(3L, 
7L), dimnames = structure(list(c("A", "B", "C"), c("1", "2", 
"3", "4", "5", "6", "7")), names = c("", "")), class = "table")

疑问：该表规模并不大，为何fisher.test无法直接运行，必须设置workspace或simulate.p.value这类参数？

问题原因 #

FEXACT error 6本质是Fisher精确检验计算时所需的临时内存空间不足。虽然列联表维度（3×7）看起来不大，但：

• 当表中存在多个0值单元格，且边缘合计数较大时，计算精确p值需要枚举的可能组合数会急剧增加，远超默认workspace的承载能力
• 默认workspace参数值较小（默认200000字节），不足以支撑这类组合的枚举计算

解决方法 #

1. 直接给CrossTable传递fisher.test的参数 #

CrossTable函数支持通过...（可变参数）将额外参数传递给内部调用的fisher.test，只需在调用时直接添加所需参数即可：

• 增大workspace：

library(descr)
CrossTable(x, fisher = TRUE, workspace = 5e5) # 可根据情况调整数值，比如5e5即500000字节

• 使用模拟p值（蒙特卡洛方法，无需枚举所有组合，内存压力更小）：

CrossTable(x, fisher = TRUE, simulate.p.value = TRUE, B = 10000) # B为模拟次数，默认2000，可适当增大提升精度

2. 手动调用fisher.test验证 #

如果不确定参数是否生效，可单独提取子表手动调用fisher.test测试：

# 示例：提取前两列做测试
sub_tab <- x[, 1:2]
fisher.test(sub_tab, workspace = 5e5)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nneka