nf-core/rnaseq未执行DESeq2分析问题咨询

差异分析不是仅支持Salmon，Hisat2定量后的结果同样可以触发DESeq2差异比较和PCA绘图，你遇到的问题大概率是流程未满足触发差异分析的前提条件，以下是具体说明和排查方向：

• 必须提供样本分组与对比规则
  不管用Hisat2还是Salmon，流程都需要明确知道要对比哪些样本组。你需要：

  1. 在samplesheet中添加分组列（比如命名为condition），给每个样本分配对应的分组标签（如control/treatment）；
  2. 运行流程时通过--contrasts参数指定对比规则，比如针对3.10.1版本，格式类似--contrasts '[{"contrast":["treatment","control"],"name":"treat_vs_ctrl"}]'，3.5版本的参数格式需对应版本要求调整。

• 确认Hisat2定量后的count矩阵生成正常
  Hisat2的定量结果是通过featureCounts生成的，你需要检查results/featureCounts目录下是否存在合并后的count矩阵文件（比如merged_counts.txt）。如果这个文件缺失或为空，流程会跳过DESeq2步骤。

• 查看流程日志确认跳过原因
  检查流程运行的日志文件（比如work/目录下对应DESeq2步骤的日志，或者主日志文件），里面会明确说明为什么跳过差异分析步骤——常见原因包括：没有定义对比组、样本分组信息缺失、count矩阵为空等。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者raygozag