基于多ChIP数据集矩阵的PCA分析方法及工作流咨询
2026-7-27
ChIP-Seq数据集关联与PCA分析求助
我在不同条件下培养细胞，针对特定DNA损伤应答蛋白开展了ChIP-Seq实验。目前希望将我的数据集与多个其他ChIP-Seq数据集关联，通过PCA分析观察潜在的聚类差异。
我的初步方案是：构建自身基因组区域与其他ChIP-Seq数据bam文件的交集矩阵，使用DESeq对交集结果进行归一化以获得计数，示例矩阵如下：
Treatment 1
| Chr | Start | End | H3K9me3 | H3K4me1 | H3K16ac | γH2AX |
|---|---|---|---|---|---|---|
| chr1 | 10025 | 10525 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| chr1 | 13252 | 13752 | 0 | 4 | 0 | 2 |
| chr1 | 16019 | 16519 | 1 | 5 | 2 | 0 |
| chr1 | 96376 | 96876 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| chr1 | 115440 | 115940 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| chr1 | 235393 | 235893 | 2 | 4 | 2 | 0 |
Treatment 2
| Chr | Start | End | H3K9me3 | H3K4me1 | H3K16ac | γH2AX |
|---|---|---|---|---|---|---|
| chr1 | 10025 | 10525 | 3 | 0 | 1 | 5 |
| chr1 | 13252 | 13752 | 5 | 0 | 1 | 7 |
| chr1 | 16019 | 16519 | 4 | 0 | 2 | 8 |
| chr1 | 96376 | 96876 | 5 | 1 | 0 | 5 |
| chr1 | 115440 | 115940 | 6 | 0 | 1 | 6 |
| chr1 | 235393 | 235893 | 7 | 0 | 2 | 6 |
最终我会得到多个此类矩阵用于PCA分析。求有相关经验的同行分享操作经验，或是提供可参考的操作手册/工作流。
内容的提问来源于stack exchange，提问作者schmau7
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