multcomp::cld()函数decreasing参数无效果问题求助

问题背景 #

在使用multcomp::cld()生成紧凑字母显示（CLD）时，设置decreasing=TRUE或FALSE无法改变字母分配逻辑，无法将最高均值对应到字母"A"。测试环境为R 4.2.0、multcomp 1.4-20、emmeans 1.8.0，且在混合线性模型及多系统中均出现该问题。

可行解决方案 #

方案1：使用emmeans包自带的cld方法 #

emmeans包本身提供了cld()方法，该方法的decreasing参数可正常生效，能直接控制均值排序与字母分配：

model = lm(breaks~tension, data=warpbreaks)
emg = emmeans::emmeans(model, pairwise~tension)

# 让最高均值分配字母"A"
emmeans::cld(emg[[1]], adjust="fdr", alpha=0.05, decreasing=TRUE, Letters=LETTERS)

执行后输出会将最高均值（tension=L，emmean=36.4）排在首位并分配字母"A"，其余均值按降序排列并对应分组字母。

方案2：手动排序emmeans结果后再调用multcomp::cld #

若坚持使用multcomp的cld函数，可先对emmeans结果按均值降序排序，再传入函数：

library(dplyr)

model = lm(breaks~tension, data=warpbreaks)
emg = emmeans::emmeans(model, pairwise~tension)

# 按emmean降序排序
sorted_em <- emg[[1]] %>% arrange(desc(emmean))

# 调用multcomp的cld
multcomp::cld(sorted_em, adjust="fdr", alpha=0.05, Letters=LETTERS)

此方法通过提前排序输入对象，让multcomp::cld按排序后的顺序分配字母，间接实现最高均值对应"A"的需求。

原因说明 #

当前版本的multcomp::cld()在处理emmeans对象时，decreasing参数未正确作用于均值排序逻辑，导致字母分配不受该参数影响。而emmeans自带的cld方法针对自身返回的对象做了适配，参数逻辑更符合预期。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Loki