使用TCGA-Assembler2下载TCGA数据时出现fromJSON解析错误求助

问题背景 #

作为R语言新手，使用TCGA-Assembler2下载TCGA数据，最初下载miRNA和肺甲基化数据正常，因电脑休眠中断后，再次运行所有下载代码（包括之前可用的）均出现以下错误：

Error in fromJSON(jsn) : 
  not all data was parsed (0 chars were parsed out of a total of 186 chars)  

已尝试重装R、重新下载TCGA-Assembler2、更换存储目录，问题仍未解决。

排查与修复方案 #

1. 清理中断残留的临时文件 #

下载中断后，TCGA-Assembler2可能生成不完整的临时JSON文件，导致后续解析失败：

• 定位代码中saveFolderName对应的目录（如DownloadmiRNASeqData、Lung adenocarcinoma2等）
• 删除目录下所有.json后缀的临时文件，以及未下载完成的不完整数据文件
• 重新运行下载代码

2. 修正癌症类型参数错误 #

代码中存在明显的参数错误：

• cancerType = "BRCA2"是错误的，TCGA乳腺癌的标准代码为BRCA，修改后代码：

  miRNAExp1 <- DownloadmiRNASeqData(cancerType = "BRCA", assayPlatform ="mir_HiSeq.hg19.mirbase20", saveFolderName = "DownloadmiRNASeqData")
  

• 错误的参数会导致API返回异常格式的响应，直接触发fromJSON解析失败

3. 处理网络访问限制 #

TCGA数据源（GDC）可能对频繁请求限流，中断后的重复请求容易触发限制：

• 重启网络设备或切换网络环境，确保连接稳定
• 单次仅运行一个下载命令，避免同时执行多任务
• 在下载代码前添加延迟，降低请求频率：

  Sys.sleep(30) # 延迟30秒再发起请求
  

4. 修复rjson包解析问题 #

错误源于rjson的解析逻辑，可通过以下两种方式处理：

• 安装与TCGA-Assembler2兼容的rjson版本：

  remove.packages("rjson")
  install.packages("rjson", version = "0.2.21")
  

• 替换为更稳定的jsonlite包（需修改TCGA-Assembler2源码）：
  1. 打开Module_A.R和Module_B.R文件
  2. 将library(rjson)替换为library(jsonlite)
  3. 将所有fromJSON(jsn)替换为fromJSON(jsn, simplifyVector = FALSE)
  4. 保存修改后重新运行代码

5. 手动验证API响应 #

直接测试TCGA GDC API是否正常返回数据，排查工具逻辑问题：

library(httr)
# 测试BRCA的miRNA数据请求
response <- GET("https://api.gdc.cancer.gov/files?filters=%7B%22op%22%3A%22and%22%2C%22content%22%3A%5B%7B%22op%22%3A%22in%22%2C%22content%22%3A%7B%22field%22%3A%22cases.project.project_id%22%2C%22value%22%3A%5B%22TCGA-BRCA%22%5D%7D%7D%2C%7B%22op%22%3A%22in%22%2C%22content%22%3A%7B%22field%22%3A%22files.experimental_strategy%22%2C%22value%22%3A%5B%22miRNA-Seq%22%5D%7D%7D%2C%7B%22op%22%3A%22in%22%2C%22content%22%3A%7B%22field%22%3A%22files.analysis.workflow_type%22%2C%22value%22%3A%5B%22BCGSC%20miRNA%20Profile%22%5D%7D%7D%5D%7D&format=json")
content(response, "text")

若返回正常JSON，说明API访问正常，问题出在工具处理逻辑；若返回错误信息，根据提示调整请求参数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ferdinand Fisranda