求ANOVA两两比较中每组对比的效应量R实现代码

1. 计算Cohen's d（直接用emmeans工具） #

emmeans包自带的eff_size()函数可以针对两两对比结果计算Cohen's d，基于模型的残差标准差计算合并标准差：

# 先生成两两对比结果（保留你的adjust=NULL设置）
two.way.contrast <- pairs(emmeans(two.way.esm, ~ emotionF*typeF), adjust = NULL)

# 计算Cohen's d并输出90%置信区间
contrast_effsize <- eff_size(two.way.contrast, sigma = sigma(two.way.esm), edf = df.residual(two.way.esm))
summary(contrast_effsize, level = 0.90)

2. 计算偏η²（partial eta squared） #

偏η²可以通过两两对比的t值和模型残差自由度推导，公式为 η²p = t² / (t² + 残差自由度)，代码实现如下：

# 提取对比结果的详细统计量
contrast_stats <- summary(two.way.contrast, level = 0.90)
# 获取模型的残差自由度
df_resid <- df.residual(two.way.esm)

# 计算偏η²并添加到结果表中
contrast_stats$partial_eta_sq <- (contrast_stats$t.ratio^2) / (contrast_stats$t.ratio^2 + df_resid)

# 查看包含偏η²的完整结果
print(contrast_stats)

注意事项 #

• 如果你的模型是混合效应模型（如lmer拟合的），需要用lmerTest包获取准确的残差自由度，替换df.residual(two.way.esm)为anova(two.way.esm)$DenDF
• Cohen's d的计算默认使用合并标准差，若需要其他标准化方式，可在eff_size()中指定method参数

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Miranda