代码迁移至新电脑后出现arguments imply differing number of rows:1,0错误求助

报错信息 #

Error in (function (..., row.names = NULL, check.rows = FALSE, check.names = TRUE,  :
arguments imply differing number of rows: 1, 0
Error: arguments imply differing number of rows: 1, 0

所用代码 #

library("nlmixr2")
data<- read.csv("C:\\Users\\Simcyp Simulator\\Downloads\\NHP Nonmem style file.csv")
nhp <- function() {
  ini({
    tcl <- 4.15
    tv <-  0.9  
    eta.cl + eta.v ~ c(1,
                       0.01, 1)
    add.err <- .0278    
  })
  model({
    cl <- exp(tcl + eta.cl)
    v <- exp(tv + eta.v)    
    ke <- cl /  v              
    d/dt(depot) = -ka * depot
    d/dt(center) = ka * depot - cl / v * center
    cp = center / v
    cp ~ add(add.err)      
  })
}

fit.nhp <- nlmixr2(nhp, data, est = "saem",control=list(print=0),
                   table=list(cwres=TRUE, npde=TRUE))

已尝试操作 #

• 更换相同数据的CSV、Excel格式文件
• 直接在R中导入数据使用
• 安装与原电脑版本一致的最新包

排查方案 #

1. 验证数据导入完整性

   • 运行dim(data)查看数据的行数列数，和原电脑结果对比，确认新电脑导入的数据无行/列丢失
   • 运行summary(data)检查nlmixr2必备列（如ID、TIME、DV等）是否存在、格式正确，无大量缺失值
   • 尝试用data <- na.omit(data)移除含缺失值的行后重新测试

2. 修复模型参数定义漏洞

   • 模型中使用了ka参数，但未在ini()块中初始化，这会导致计算维度不匹配。在ini()块中添加ka的初始值，示例：

     ini({
       tcl <- 4.15
       tv <-  0.9
       ka <- 1  # 新增ka初始值，可根据数据调整
       eta.cl + eta.v ~ c(1,
                          0.01, 1)
       add.err <- .0278    
     })
     

   • 确认所有模型用到的参数都已在ini()中定义初始值

3. 排查文件路径与编码问题

   • 将CSV文件移动到无空格、无特殊字符的路径下（如"C:\\Data\\NHP.csv"），重新导入数据
   • 尝试指定编码导入，匹配原电脑的文件编码：read.csv("文件路径", fileEncoding = "GBK")（或"UTF-8"）

4. 核对环境版本一致性

   • 运行R.version.string对比新、旧电脑的R版本，nlmixr2对R版本有明确要求，版本不匹配可能引发隐性错误
   • 运行packageVersion("nlmixr2")、packageVersion("rxode2")确认依赖包版本和原电脑完全一致，必要时重新安装所有依赖：

     install.packages("nlmixr2", dependencies = TRUE)
     

5. 分步调试定位问题

   • 简化拟合调用，注释掉table参数并打开日志输出：fit.nhp <- nlmixr2(nhp, data, est = "saem", control=list(print=1))，查看中间计算过程
   • 单独运行nhp()，确认模型对象能正常生成，排除语法错误

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ksadko