如何在R项目中将Rmarkdown文件编织到指定目录且不改变工作目录

针对你的项目结构：

a_folder/
├─ a_project.Rproj
├─ program/
│  ├─ data_summary.rmd
│  └─ data_summary.html
└─ report/

你之前的YAML方法会导致工作目录切换到program/，核心原因是rmarkdown::render默认会将工作目录切换到Rmd文件所在路径。要解决这个问题，只需在render函数中指定knit_root_dir参数，强制保持工作目录为项目根目录即可。

方法一：修改Rmd的YAML头部 #

将原有的knit函数替换为以下代码，同时确保项目根目录被正确识别：

knit: (function(inputFile, encoding) {
  rmarkdown::render(
    input = inputFile,
    encoding = encoding,
    output_dir = file.path(dirname(inputFile), "../report"),
    knit_root_dir = rprojroot::find_rstudio_project()
  )
})

• output_dir：通过dirname(inputFile)获取Rmd所在的program/目录，再用../report定位到项目根目录下的report文件夹，保证输出路径正确。
• knit_root_dir：借助rprojroot包自动识别RStudio项目的根目录，确保编织过程中工作目录始终保持在a_folder/。

如果你的环境中没有安装rprojroot包，先运行install.packages("rprojroot")安装即可。

方法二：直接在R控制台执行编织命令 #

如果不想修改Rmd文件，也可以在项目根目录的R控制台中直接运行以下命令：

rmarkdown::render(
  input = "program/data_summary.rmd",
  output_dir = "report",
  knit_root_dir = getwd()
)

• getwd()会获取当前项目根目录的路径，作为编织时的工作目录，避免切换到program/。

这两种方法都能让data_summary.html输出到report/目录，同时保持工作目录始终为项目根目录a_folder/。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Izzy_oz3