如何在ggplot2中仅隐藏图例中的NA值（保留NA点绘制）

1. 加载依赖包 #

先加载dplyr和ggplot2包：

library("dplyr")
library("ggplot2")

2. 绘制基础散点图 #

基于faithful数据集绘制基础散点图，用喷发时长是否超过3分钟作为颜色区分：

faithful %>%
    ggplot(aes(waiting, eruptions, color = eruptions > 3)) +
    geom_point()

3. 构造带缺失值的数据集 #

为分类变量添加随机缺失值，模拟实际数据场景：

faithful_with_missings <-
    faithful %>%
    mutate(eruptions_class = ifelse(eruptions > 3, '>3', '<=3'),
           eruptions_class = ifelse(rbinom(n(), 1, 0.9), eruptions_class, NA_character_))
           ## eruptions_class = as.factor(eruptions_class))
# 查看各类别（含NA）的数量
faithful_with_missings$eruptions_class %>% table(exclude = NULL)
#> .
#>  <=3   >3 <NA> 
#>   89  151   32

4. 初始带缺失值的散点图 #

用含缺失值的数据集绘图时，图例会自动包含NA项：

ggplot(faithful_with_missings, aes(waiting, eruptions, color = eruptions_class)) +
    geom_point()

问题需求 #

能否在保留NA数据点正常绘制的前提下，仅在图例中隐藏NA项？期望效果如下：

解决方案 #

可以通过指定颜色刻度的breaks参数，只显示非NA的类别，同时NA数据点仍会以默认灰色绘制：

ggplot(faithful_with_missings, aes(waiting, eruptions, color = eruptions_class)) +
    geom_point() +
    scale_color_discrete(breaks = c("<=3", ">3"))

如果需要自定义NA点的颜色，也可以用scale_color_manual明确指定：

ggplot(faithful_with_missings, aes(waiting, eruptions, color = eruptions_class)) +
    geom_point() +
    scale_color_manual(
        values = c("<=3" = "#F8766D", ">3" = "#00BFC4"),
        breaks = c("<=3", ">3"),
        na.value = "gray50" # 自定义NA点的颜色
    )

这两种方法都能保留NA数据点的显示，同时图例中只展示有效的分类项。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andreas