调用Python包时出现NameError: name 'hg38' is not defined错误求助

问题根源 #

• Python中，函数内部用global关键字声明的变量，属于该函数所在模块的全局命名空间，而非调用该模块的脚本的全局命名空间。
• 以你提供的简化示例为例：global_var_test.py里的hg38是global_var_test模块的全局变量，你在调用脚本里直接写hg38，Python会在当前脚本的命名空间中查找该变量，自然找不到，因此触发NameError。

解决方案 #

针对简化示例 #

修改调用脚本，从模块命名空间中引用hg38变量：

import global_var_test

global_var_test.print_sth()
# 从模块中获取hg38变量传入函数
global_var_test.process_del(global_var_test.hg38)

针对ORCA仓库的实际场景 #

1. 先调用初始化hg38的函数（仓库代码中是load_genome），确保模块级hg38变量被创建；
2. 调用process_dup时，从orca_predict模块中引用hg38，而非直接使用hg38：

import orca_predict

# 初始化hg38变量
orca_predict.load_genome()
# 从模块中传入hg38参数
outputs = orca_predict.process_dup('chr17', 70845859, 71884859, orca_predict.hg38, file='./chr17_70845859_71884859_RevSex_dup_maximum_Sox9', show_genes=True)

补充说明 #

原仓库的README文档存在疏漏，未明确说明hg38是模块级全局变量，需要从模块中引用。从代码规范角度，更合理的实现应该让初始化函数返回hg38对象，而非依赖模块全局变量，避免这类作用域混淆的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mrq